TOBIAS 开源项目使用教程

TOBIAS 开源项目使用教程

TOBIASTranscription factor Occupancy prediction By Investigation of ATAC-seq Signal 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TOBIAS

1. 项目的目录结构及介绍

TOBIAS 项目的目录结构如下：

TOBIAS/
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── src/
│   ├── main.py
│   └── ...
├── config/
│   ├── config.yaml
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
└── README.md

• docs/: 存放项目文档，包括用户指南、API 文档等。
• src/: 存放项目源代码。
• config/: 存放配置文件。
• tests/: 存放测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件列表。
• LICENSE: 项目许可证。
• README.md: 项目介绍和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 src/main.py。该文件包含了项目的主要入口点，负责初始化配置、加载必要的模块并启动应用程序。

# src/main.py

import config.config as config
from modules.app import App

def main():
    # 加载配置
    config.load_config()
    
    # 初始化应用
    app = App()
    app.run()

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 config/config.yaml。该文件包含了项目的各种配置选项，如数据库连接、日志级别、端口号等。

# config/config.yaml

database:
  host: "localhost"
  port: 3306
  user: "root"
  password: "password"
  name: "tobias_db"

logging:
  level: "INFO"

server:
  port: 8080

通过修改 config.yaml 文件，可以灵活地调整项目的运行参数。

TOBIASTranscription factor Occupancy prediction By Investigation of ATAC-seq Signal 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TOBIAS