TEMPy 开源项目使用教程

TEMPy 开源项目使用教程

TemPyPython Object Oriented Html Templating System项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tem/TemPy

项目介绍

TEMPy（TEMPy2）是一个用于验证、拟合和精炼原子模型在低温电子显微镜（cryo-EM）图谱中的Python库。它属于CCP-EM软件套件的一部分，主要用于CASP14中的低温电子显微镜预测验证。TEMPy2提供了多种本地和全局验证评分，如LoQFit、SMOC、SCCC等，帮助用户更好地理解和分析cryo-EM数据。

项目快速启动

安装TEMPy2

首先，确保你已经安装了Python环境。然后，使用pip安装TEMPy2：

pip install BioTEMPy==2.1.1

快速启动指南

以下是一个简单的示例代码，展示如何使用TEMPy2进行模型验证：

from TEMPy.map_parser import MapParser
from TEMPy.structure_parser import PDBParser
from TEMPy.protein import Protein
from TEMPy.scorer import Scorer

# 加载cryo-EM图谱
em_map = MapParser.readMRC('path_to_your_map.mrc')

# 加载PDB文件
pdb_model = PDBParser.read_PDB('path_to_your_pdb.pdb')

# 创建Protein对象
protein = Protein(pdb_model)

# 进行验证
scorer = Scorer()
score = scorer.local_score(protein, em_map)

print(f"验证得分: {score}")

应用案例和最佳实践

案例1：低温电子显微镜图谱验证

在CASP14中，TEMPy被用于验证低温电子显微镜预测。通过使用TEMPy2提供的验证评分，研究人员能够更准确地评估模型的质量，并进行必要的调整。

案例2：模型拟合与精炼

TEMPy-ReFF模块提供了B因子精炼功能，能够生成更好地解释底层动力学的模型集合。这对于需要高精度模型的研究非常有用。

典型生态项目

1. CCP-EM软件套件

TEMPy是CCP-EM软件套件的一部分，该套件还包括其他用于低温电子显微镜数据处理的工具和库。

2. γ-TEMPy

γ-TEMPy使用遗传算法将模型构建到低分辨率密度中，是TEMPy生态系统中的一个重要组成部分。

通过以上模块，用户可以全面了解TEMPy的功能和应用场景，并能够快速上手使用该工具进行低温电子显微镜数据的分析和处理。

TemPyPython Object Oriented Html Templating System项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tem/TemPy