Nanoq 开源项目教程
项目介绍
Nanoq 是一个用 Rust 编写的超快速质量控制工具,专为高吞吐量的纳米孔读取数据设计。它提供了快速读取过滤和摘要报告功能,适用于生物信息学领域的研究人员和开发者。Nanoq 使用 Needletail 进行读取操作,并使用 Niffler 进行输出压缩。项目名称 "Nanoq" 在 Native American (Eskimo-Aleut Greenlandic) 语言中意为 "北极熊",旨在避免与其他项目名称冲突。
项目快速启动
安装
使用 Cargo 安装
cargo install nanoq
使用 Conda 安装
conda install -c conda-forge -c bioconda nanoq
使用预编译二进制文件
VERSION=0.10.0
RELEASE=nanoq-${VERSION}-x86_64-unknown-linux-musl.tar.gz
wget https://github.com/esteinig/nanoq/releases/download/${VERSION}/${RELEASE}
tar xf ${RELEASE}
./nanoq-${VERSION}-x86_64-unknown-linux-musl/nanoq -h
基本使用
从文件读取
nanoq -i test.fq.gz -o reads.fq
从标准输入读取
cat test.fq.gz | nanoq > reads.fq
过滤读取长度
nanoq -i test.fq.gz -l 1000 -o filtered_reads.fq
应用案例和最佳实践
实时序列质量控制
Nanoq 可以用于实时检查正在进行的测序运行和条形码样本:
find /data/nanopore/run -name "*.fastq" -print0 | xargs -0 cat | nanoq -s
条形码样本处理
for i in {01..12}
do
find /data/nanopore/run -name "barcode${i}.fastq" -print0 | xargs -0 cat | nanoq -s
done
典型生态项目
Needletail
Needletail 是一个用于处理生物序列数据的 Rust 库,提供了高效的序列读取和操作功能。
Niffler
Niffler 是一个用于文件压缩和解压缩的 Rust 库,支持多种压缩格式,如 gzip、bzip2 和 lzma。
Seqtk
Seqtk 是一个用于处理 FASTA 和 FASTQ 格式文件的工具,提供了多种序列操作功能,如子集提取、格式转换和质量控制。
Seqkit
Seqkit 是一个用于处理 FASTA 和 FASTQ 格式文件的工具包,提供了丰富的序列操作功能,如过滤、统计和格式转换。
通过结合这些工具,可以构建一个完整的纳米孔测序数据处理和分析流程。