Nanoq 开源项目教程

Nanoq 开源项目教程

nanoqMinimal but speedy quality control for nanopore reads in Rust :bear:项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/na/nanoq

项目介绍

Nanoq 是一个用 Rust 编写的超快速质量控制工具，专为高吞吐量的纳米孔读取数据设计。它提供了快速读取过滤和摘要报告功能，适用于生物信息学领域的研究人员和开发者。Nanoq 使用 Needletail 进行读取操作，并使用 Niffler 进行输出压缩。项目名称 "Nanoq" 在 Native American (Eskimo-Aleut Greenlandic) 语言中意为 "北极熊"，旨在避免与其他项目名称冲突。

项目快速启动

安装

使用 Cargo 安装

cargo install nanoq

使用 Conda 安装

conda install -c conda-forge -c bioconda nanoq

使用预编译二进制文件

VERSION=0.10.0
RELEASE=nanoq-${VERSION}-x86_64-unknown-linux-musl.tar.gz
wget https://github.com/esteinig/nanoq/releases/download/${VERSION}/${RELEASE}
tar xf ${RELEASE}
./nanoq-${VERSION}-x86_64-unknown-linux-musl/nanoq -h

基本使用

从文件读取

nanoq -i test.fq.gz -o reads.fq

从标准输入读取

cat test.fq.gz | nanoq > reads.fq

过滤读取长度

nanoq -i test.fq.gz -l 1000 -o filtered_reads.fq

应用案例和最佳实践

实时序列质量控制

Nanoq 可以用于实时检查正在进行的测序运行和条形码样本：

find /data/nanopore/run -name "*.fastq" -print0 | xargs -0 cat | nanoq -s

条形码样本处理

for i in {01..12}
do
    find /data/nanopore/run -name "barcode${i}.fastq" -print0 | xargs -0 cat | nanoq -s
done

典型生态项目

Needletail

Needletail 是一个用于处理生物序列数据的 Rust 库，提供了高效的序列读取和操作功能。

Niffler

Niffler 是一个用于文件压缩和解压缩的 Rust 库，支持多种压缩格式，如 gzip、bzip2 和 lzma。

Seqtk

Seqtk 是一个用于处理 FASTA 和 FASTQ 格式文件的工具，提供了多种序列操作功能，如子集提取、格式转换和质量控制。

Seqkit

Seqkit 是一个用于处理 FASTA 和 FASTQ 格式文件的工具包，提供了丰富的序列操作功能，如过滤、统计和格式转换。

通过结合这些工具，可以构建一个完整的纳米孔测序数据处理和分析流程。

nanoqMinimal but speedy quality control for nanopore reads in Rust :bear:项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/na/nanoq