Sequence Tube Map 使用教程
项目介绍
Sequence Tube Map 是一个开源项目,旨在通过类似“地铁图”的可视化方式展示基因组序列图。该项目由 vgteam 开发,利用 vg 工具创建的序列图,自动生成直观的可视化结果。随着生物科学技术的进步,基因组序列信息的数量大幅增加,传统的单一参考序列已无法满足需求。现在,我们通常拥有同一物种不同个体的多个序列变体,甚至是不同物种的同源序列。这些序列之间的差异称为多态性,从单个碱基对的变化到更大的结构变异。
项目快速启动
安装与配置
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克隆项目仓库:
git clone https://github.com/vgteam/sequenceTubeMap.git cd sequenceTubeMap
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安装依赖:
npm install
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配置数据路径: 编辑
sequenceTubeMap/src/config.json
文件,修改dataPath
为你的数据文件夹路径:{ "dataPath": "<path to my data folder>/" }
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启动服务器:
npm start
使用示例
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生成索引(可选):
./prepare_gam.sh <gam_file>
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访问可视化界面: 打开浏览器,访问
http://localhost:3000
,选择数据文件进行可视化。
应用案例和最佳实践
应用案例
- 基因组变异分析:通过 Sequence Tube Map,研究人员可以直观地比较不同个体的基因组变异,快速识别关键的遗传差异。
- 物种间比较:利用同源序列的可视化,可以更好地理解不同物种间的遗传关系和进化路径。
最佳实践
- 数据准备:确保输入的基因组数据格式正确,使用
vg construct
工具生成序列图。 - 性能优化:对于大型数据集,建议提前生成索引文件,以加快数据加载速度。
- 交互式探索:利用在线版本进行初步探索,然后根据需求定制本地部署。
典型生态项目
- vg:核心工具,用于构建和操作基因组变异图。
- D3.js:用于实际绘制 SVG 图形的 JavaScript 库。
- npm:用于管理项目依赖和脚本执行。
通过这些工具和库的结合,Sequence Tube Map 提供了一个强大的平台,用于基因组数据的可视化和分析。