Sequence Tube Map 使用教程

Sequence Tube Map 使用教程

sequenceTubeMapdisplays multiple genomic sequences in the form of a tube map项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/sequenceTubeMap

项目介绍

Sequence Tube Map 是一个开源项目，旨在通过类似“地铁图”的可视化方式展示基因组序列图。该项目由 vgteam 开发，利用 vg 工具创建的序列图，自动生成直观的可视化结果。随着生物科学技术的进步，基因组序列信息的数量大幅增加，传统的单一参考序列已无法满足需求。现在，我们通常拥有同一物种不同个体的多个序列变体，甚至是不同物种的同源序列。这些序列之间的差异称为多态性，从单个碱基对的变化到更大的结构变异。

项目快速启动

安装与配置

1. 克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/vgteam/sequenceTubeMap.git
   cd sequenceTubeMap
   

2. 安装依赖：

   npm install
   

3. 配置数据路径： 编辑 sequenceTubeMap/src/config.json 文件，修改 dataPath 为你的数据文件夹路径：

   {
       "dataPath": "<path to my data folder>/"
   }
   

4. 启动服务器：

   npm start
   

使用示例

1. 生成索引（可选）：

   ./prepare_gam.sh <gam_file>
   

2. 访问可视化界面： 打开浏览器，访问 http://localhost:3000，选择数据文件进行可视化。

应用案例和最佳实践

应用案例

• 基因组变异分析：通过 Sequence Tube Map，研究人员可以直观地比较不同个体的基因组变异，快速识别关键的遗传差异。
• 物种间比较：利用同源序列的可视化，可以更好地理解不同物种间的遗传关系和进化路径。

最佳实践

• 数据准备：确保输入的基因组数据格式正确，使用 vg construct 工具生成序列图。
• 性能优化：对于大型数据集，建议提前生成索引文件，以加快数据加载速度。
• 交互式探索：利用在线版本进行初步探索，然后根据需求定制本地部署。

典型生态项目

• vg：核心工具，用于构建和操作基因组变异图。
• D3.js：用于实际绘制 SVG 图形的 JavaScript 库。
• npm：用于管理项目依赖和脚本执行。

通过这些工具和库的结合，Sequence Tube Map 提供了一个强大的平台，用于基因组数据的可视化和分析。

sequenceTubeMapdisplays multiple genomic sequences in the form of a tube map项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/sequenceTubeMap