TotalSegmentator 使用教程
项目介绍
TotalSegmentator 是一个用于医学图像分割的开源工具,能够对104种解剖结构进行精确分割。该项目基于深度学习技术,支持CT和MR图像的处理。TotalSegmentator 提供了多种模型选项,包括高分辨率模型和快速模型,以适应不同的计算资源和需求。
项目快速启动
安装依赖
确保你的环境中安装了以下依赖:
- Python >= 3.9
- Pytorch >= 2.0.0
安装 TotalSegmentator
使用 pip 安装 TotalSegmentator:
pip install TotalSegmentator
使用示例
处理 CT 图像
TotalSegmentator -i ct.nii.gz -o segmentations
处理 MR 图像
TotalSegmentator -i mri.nii.gz -o segmentations --task total_mr
应用案例和最佳实践
案例一:肺部分割
在肺部疾病的诊断中,精确的肺部分割是至关重要的。使用 TotalSegmentator 可以快速得到肺部的详细分割结果,有助于医生进行更精确的诊断。
TotalSegmentator -i lung_ct.nii.gz -o lung_segmentations --task lung
案例二:心脏分割
心脏分割在心脏病的研究中具有重要意义。TotalSegmentator 提供了专门的心脏分割任务,可以得到心脏的详细结构。
TotalSegmentator -i heart_mr.nii.gz -o heart_segmentations --task heart
典型生态项目
nnUNet
TotalSegmentator 是基于 nnUNet 开发的,nnUNet 是一个强大的医学图像分割框架,提供了高度灵活和自动化的分割解决方案。使用 nnUNet 可以进一步优化和定制分割模型。
其他相关项目
- 3D Slicer: 一个开源的医学图像处理和可视化平台,可以与 TotalSegmentator 结合使用,进行更复杂的医学图像分析。
- ITK-SNAP: 另一个常用的医学图像分割和可视化工具,支持多种图像格式,可以作为 TotalSegmentator 的辅助工具。
通过结合这些生态项目,可以构建一个完整的医学图像处理和分析工作流,提高医学研究和临床诊断的效率和准确性。