BEAST 2：强大的贝叶斯进化分析工具

BEAST 2：强大的贝叶斯进化分析工具

beast2 Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/be/beast2

1. 项目基础介绍和主要编程语言

BEAST 2（Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees）是一个开源项目，旨在通过贝叶斯推理和马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法对分子序列进行进化分析。该项目致力于提供一个跨平台的程序，主要用于推断具有严格或放松分子钟模型的根树时间测量的系统发育树。BEAST 2 主要使用 Java 语言开发，同时也包含了一些 Shell、Perl 和 C 语言的代码。

2. 项目的核心功能

BEAST 2 的核心功能包括：

• 贝叶斯推断：通过 MCMC 方法对分子序列进行推断，实现对树空间中的每棵树的权重计算，权重与其后验概率成正比。
• 系统发育树重建：可以用来重建系统发育树，同时也是一个测试进化假设的框架，不依赖于单一树拓扑结构。
• 用户界面：提供了简单易用的用户界面程序，用于设置标准分析。
• 结果分析工具：包含一系列用于分析结果的程序。

3. 项目最近更新的功能

根据项目的最新动态，最近更新的功能包括：

• 版本更新：发布了 v2.7.7 版本，改进了程序的稳定性和性能。
• 代码优化：对代码进行了优化，以提高运行效率和可维护性。
• 新特性添加：可能增加了新的分析工具或方法，以扩展 BEAST 2 的功能。

请注意，具体新增的功能和改进的细节需要查看项目的官方发布说明或变更日志。

beast2 Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/be/beast2