BEAST 2 项目教程

BEAST 2 项目教程

beast2Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/be/beast2

1. 项目的目录结构及介绍

BEAST 2 是一个用于贝叶斯系统发育分析的跨平台程序。以下是其主要目录结构的介绍：

• doc/: 包含项目的文档文件，如用户手册、API 文档等。
• examples/: 提供一些示例配置文件和数据集，帮助用户快速上手。
• src/: 项目的源代码目录，包含所有的 Java 源文件。
• test/: 包含项目的测试代码，用于确保代码的正确性。
• tools/: 包含一些辅助工具和脚本，用于项目的开发和维护。

2. 项目的启动文件介绍

BEAST 2 的启动文件是 beast.jar，位于项目的根目录下。用户可以通过以下命令启动 BEAST 2：

java -jar beast.jar

启动文件 beast.jar 包含了 BEAST 2 的所有必要组件和依赖项，确保用户可以顺利运行程序。

3. 项目的配置文件介绍

BEAST 2 的配置文件通常是 XML 格式，用于定义分析的具体参数和设置。以下是一个典型的配置文件结构：

<beast version="2.0">
    <data id="alignment" spec="Alignment">
        <!-- 数据集定义 -->
    </data>
    <treeModel id="treeModel" spec="TreeModel">
        <!-- 树模型定义 -->
    </treeModel>
    <branchRateModel id="branchRateModel" spec="BranchRateModel">
        <!-- 分支速率模型定义 -->
    </branchRateModel>
    <mcmc id="mcmc" spec="MCMC">
        <!-- MCMC 设置 -->
    </mcmc>
</beast>

配置文件中包含了数据集、树模型、分支速率模型和 MCMC 设置等关键部分，用户可以根据自己的需求进行调整和修改。

以上是 BEAST 2 项目的基本教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 BEAST 2。

beast2Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/be/beast2