百度研究团队的NCRF项目教程

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NCRFCancer metastasis detection with neural conditional random field (NCRF)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/NCRF

1. 项目目录结构及介绍

NCRF项目主要用于癌症转移检测，其代码库包含了神经条件随机场（Neural Conditional Random Field）的相关实现。以下是该项目的基本目录结构：

• ckpt: 存储模型检查点的目录。
• configs: 配置文件所在的目录，用于设置训练参数等。
• coords: 可能包含坐标数据的目录。
• doc: 文档相关的资料。
• jsons: JSON标注文件存放的地方。
• wsi: 整体切片图像（Whole Slide Images，WSIs）相关代码或数据。
• .gitignore: Git忽略文件列表。
• LICENSE: 开源许可文件，采用Apache-2.0许可证。
• README.md: 项目说明文档。
• requirements.txt: Python依赖项列表。

2. 项目启动文件介绍

该项目的核心训练脚本是train.py，通常从命令行调用。此文件负责加载数据、配置参数并执行模型训练。根据官方提供的信息，你可能需要修改训练路径和验证路径来适应你的环境。例如，你需要更新PATCHES_TUMOR_TRAIN, PATCHES_NORMAL_TRAIN, PATCHES_TUMOR_VALID, PATCHES_NORMAL_VALID以指向你的切片图像补丁的路径。此外，jsons/train 和 jsons/valid 应该被替换为相应的JSON标注文件路径。

3. 项目配置文件介绍

配置文件位于configs目录下，用于设定训练过程中的参数。这些文件可能包括模型架构、学习率、优化器选项、训练轮数等设置。例如，配置文件可能指定了epoch(训练周期数) 和 log_every(每多少步打印一次日志)。在训练过程中，你可以根据需求调整这些参数以优化模型性能。同时，还有另一个配置文件用于ResNet-18模型但不包含CRF层（即基线模型）。

为了启动训练，可以运行类似于以下的命令：

python train.py --config_file=path/to/config/file

请注意，根据GPU数量和硬件性能，训练时间和速度可能会有所不同。默认情况下，train.py 使用一个GPU进行训练，并使用多个进程加载肿瘤和正常图像补丁。

另外，tensorboard 工具可用于监视训练过程中的关键指标，通过以下命令启动TensorBoard：

tensorboard --logdir=SAVE_PATH

SAVE_PATH 应替换为你希望保存日志的目录。

更多详细信息，请参考项目文档和README以获取完整的安装和使用指南。

NCRFCancer metastasis detection with neural conditional random field (NCRF)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/NCRF