百度研究团队的NCRF项目教程
1. 项目目录结构及介绍
NCRF项目主要用于癌症转移检测,其代码库包含了神经条件随机场(Neural Conditional Random Field)的相关实现。以下是该项目的基本目录结构:
ckpt
: 存储模型检查点的目录。configs
: 配置文件所在的目录,用于设置训练参数等。coords
: 可能包含坐标数据的目录。doc
: 文档相关的资料。jsons
: JSON标注文件存放的地方。wsi
: 整体切片图像(Whole Slide Images,WSIs)相关代码或数据。.gitignore
: Git忽略文件列表。LICENSE
: 开源许可文件,采用Apache-2.0许可证。README.md
: 项目说明文档。requirements.txt
: Python依赖项列表。
2. 项目启动文件介绍
该项目的核心训练脚本是train.py
,通常从命令行调用。此文件负责加载数据、配置参数并执行模型训练。根据官方提供的信息,你可能需要修改训练路径和验证路径来适应你的环境。例如,你需要更新PATCHES_TUMOR_TRAIN
, PATCHES_NORMAL_TRAIN
, PATCHES_TUMOR_VALID
, PATCHES_NORMAL_VALID
以指向你的切片图像补丁的路径。此外,jsons/train
和 jsons/valid
应该被替换为相应的JSON标注文件路径。
3. 项目配置文件介绍
配置文件位于configs
目录下,用于设定训练过程中的参数。这些文件可能包括模型架构、学习率、优化器选项、训练轮数等设置。例如,配置文件可能指定了epoch
(训练周期数) 和 log_every
(每多少步打印一次日志)。在训练过程中,你可以根据需求调整这些参数以优化模型性能。同时,还有另一个配置文件用于ResNet-18模型但不包含CRF层(即基线模型)。
为了启动训练,可以运行类似于以下的命令:
python train.py --config_file=path/to/config/file
请注意,根据GPU数量和硬件性能,训练时间和速度可能会有所不同。默认情况下,train.py
使用一个GPU进行训练,并使用多个进程加载肿瘤和正常图像补丁。
另外,tensorboard
工具可用于监视训练过程中的关键指标,通过以下命令启动TensorBoard:
tensorboard --logdir=SAVE_PATH
SAVE_PATH
应替换为你希望保存日志的目录。
更多详细信息,请参考项目文档和README以获取完整的安装和使用指南。