DScribe开源项目安装与使用教程

DScribe开源项目安装与使用教程

dscribeDScribe is a python package for creating machine learning descriptors for atomistic systems.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ds/dscribe

1. 项目目录结构及介绍

DScribe是一款专为原子系统设计的Python包，用于生成机器学习所需的固定大小的数值指纹（即描述符）。以下是DScribe的基本项目目录结构概览：

SINGROUP/dscribe
├── LICENSE            # 许可证文件
├── MANIFEST.in        # 包含额外文件到分发中
├── README.md          # 项目简介和快速入门指南
├── applyheader.py     # 可能用于代码风格统一的脚本
├── docs               # 文档资料存放处
│   ├── ...
├── examples           # 示例代码和应用案例
│   ├── ...
├── gitignore          # Git忽略文件列表
├── gitmodules         # 子模块配置信息（如果有）
├── pyproject.toml     # 项目元数据和构建设置
├── scripts            # 辅助脚本集合
│   ├── ...
├── setup.py           # 安装脚本
├── tests              # 自动测试代码
│   ├── ...
├── dscribe            # 主要代码库，包含所有核心功能
│   ├── __init__.py
│   ├── descriptors    # 描述符实现模块
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── ...        # 各种描述符类如SOAP, CoulombMatrix等
│   └── ...
└── ...

此结构清晰地将源代码、文档、示例、配置文件以及测试代码分离，便于开发者理解和维护。

2. 项目的启动文件介绍

DScribe的核心并不依赖于一个特定的“启动”文件来运行。然而，用户通常会从导入DScribe中的相关模块开始他们的脚本，这可以视作一种“启动”方式。例如，基本的脚本启动可能看起来像这样：

import numpy as np
from ase.build import molecule
from dscribe.descriptors import SOAP, CoulombMatrix

# 定义原子结构
samples = [molecule("H2O"), molecule("NO2"), molecule("CO2")]

# 设置描述符
cm_desc = CoulombMatrix(n_atoms_max=3, permutation="sorted_l2")
soap_desc = SOAP(species=["C", "H", "O", "N"], r_cut=5, n_max=8)

在实际应用中，用户会根据需要在自己的脚本中引入DScribe的功能模块。

3. 项目的配置文件介绍

DScribe自身没有提供一个全局或内置的配置文件模板。其配置主要是通过代码内的参数设置来完成，比如在创建描述符对象时指定各种参数。不过，对于使用DScribe进行更复杂项目时，用户可能会自定义.py配置文件来存储这些常用参数，或者利用环境变量来进行一些外部配置管理，但这不是DScribe直接提供的特性。

例如，一个简单的配置实例可以在用户的应用层面上实现：

# 假设的配置文件(config.py)
descriptor_settings = {
    'soap': {'species': ["C", "H", "O", "N"], 'r_cut': 5, 'n_max': 8},
    'coulomb_matrix': {'n_atoms_max': 3, 'permutation': "sorted_l2"}
}

然后在主脚本中导入并使用这些设置：

from config import descriptor_settings

# 根据配置初始化描述符
soap_desc = SOAP(**descriptor_settings['soap'])
cm_desc = CoulombMatrix(**descriptor_settings['coulomb_matrix'])

请注意，上述关于配置部分是基于常规实践的假设，并非DScribe项目的一部分。DScribe的主要配置和定制化通过函数调用参数直接进行。

dscribeDScribe is a python package for creating machine learning descriptors for atomistic systems.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ds/dscribe