RadonPy 项目使用教程

RadonPy 项目使用教程

RadonPyRadonPy is a Python library to automate physical property calculations for polymer informatics.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/RadonPy

1. 项目的目录结构及介绍

RadonPy 是一个用于自动化聚合物信息学物理属性计算的 Python 库。项目的目录结构如下：

RadonPy/
├── docs/
├── examples/
├── radonpy/
│   ├── core/
│   ├── forcefield/
│   ├── io/
│   ├── sim/
│   ├── utils/
│   └── __init__.py
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录介绍

• docs/: 包含项目的文档文件。
• examples/: 包含示例代码和使用案例。
• radonpy/: 核心代码目录，包含各个模块的实现。
  • core/: 核心功能模块。
  • forcefield/: 力场相关模块。
  • io/: 输入输出模块。
  • sim/: 模拟相关模块。
  • utils/: 工具模块。
  • __init__.py: 初始化文件。
• tests/: 包含测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• setup.py: 项目安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

RadonPy 的启动文件是 radonpy/__init__.py。这个文件负责初始化项目，并导入各个模块以便用户使用。

# radonpy/__init__.py

from .core import *
from .forcefield import *
from .io import *
from .sim import *
from .utils import *

__version__ = '0.2.9'

启动文件功能

• 导入核心模块 (core)。
• 导入力场模块 (forcefield)。
• 导入输入输出模块 (io)。
• 导入模拟模块 (sim)。
• 导入工具模块 (utils)。
• 定义项目版本 (__version__)。

3. 项目的配置文件介绍

RadonPy 的配置文件主要是环境变量配置和安装配置。

环境变量配置

在使用 RadonPy 进行模拟时，需要设置 LAMMPS 可执行文件的路径：

export LAMMPS_EXEC=<Path-to-LAMMPS-binary>

安装配置

RadonPy 可以通过 pip 安装，有以下几种安装方式：

最小安装

pip install radonpy-pypi

这种安装方式不包含 Psi4，因此无法进行 DFT 和 MD 模拟。

包含 LAMMPS 的安装

pip install radonpy-pypi[lammps]

这种安装方式可以进行 MD 模拟，但仍然无法进行 DFT 计算。

配置文件功能

• 设置 LAMMPS 可执行文件路径。
• 通过 pip 安装 RadonPy，可以选择不同的安装方式以满足不同的需求。

以上是 RadonPy 项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用 RadonPy 项目。

RadonPyRadonPy is a Python library to automate physical property calculations for polymer informatics.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/RadonPy