探索自由能计算的利器：Alchemical Analysis

最新推荐文章于 2024-09-01 08:45:16 发布

张俊领Tilda

最新推荐文章于 2024-09-01 08:45:16 发布

阅读量898

点赞数 19

本文链接：https://blog.csdn.net/gitblog_01194/article/details/141702342

版权

探索自由能计算的利器：Alchemical Analysis

alchemical-analysisAn open tool implementing some recommended practices for analyzing alchemical free energy calculations项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/al/alchemical-analysis

项目介绍

Alchemical Analysis 是一个开源工具，专门用于分析通过 GROMACS、AMBER 或 SIRE 进行的化学自由能计算。该项目遵循 Klimovich 等人在 JCAMD 29:397-411 (2015) 中推荐的实践，提供了一系列自由能计算方法，包括 BAR、MBAR、TI 和 Zwanzig 关系（指数平均）等。此外，它还提供了对计算自由能和收敛性的深入分析，帮助用户评估结果的质量。

项目技术分析

Alchemical Analysis 的核心优势在于其处理多种自由能计算方法的能力，以及对计算结果的详细分析。它支持 Python 2，并依赖于 pymbar 模块，推荐通过 conda 安装。尽管该项目正在逐步迁移到更现代的 alchemlyb 库，但 Alchemical Analysis 仍然提供一些独特的功能和分析选项，特别是在绘图和某些分析特性方面。