分子建模与模拟-CSDN博客

原创 MDplot：强大且免费的分子动力学模拟数据后处理神器，让您的数据分析效率直接起飞

MDplot支持分析20+种类型的性质分析，能直接输出符合论文标准的原始图像

2024-05-12 11:45:07 3111

原创使用Python代码实现一个简单的分子动力学模拟程序

1. 前言理解分子动力学模拟最好的方法是编写一个分子动力学程序，换句话说，教会计算机去理解并做执行，自己才算理解会了。因此本文将从常用于描述分子间的非键相互作用中的Lennard-Jones potential讲起，最后将其应用到一个简单的分子动力程序中，来模拟二维空间下流体的分子动力学行为，为了更加直观的理解和展示这一过程，本文主要是Python代码实现相关的代码和程序，并使用jupyter notebook来进行编码展示和描述，会尽可能的解释出每一行代码的含义，让分子动力学模拟的初学者和爱好者能从0到

2021-10-02 22:29:39 10235 9

原创使用VMD中的Tachyon渲染出透明逼真的水盒子效果

1.概述在本教程中将重点向你展示如何通过VMD中的Tachyon制作一个高质量的可视化图像。本文假设你对vmd有一定了解（最基本的打开载入分子即可）。关于vmd制作图像的快速入门中文教程，本例所使用的工具和示例文件请见文末。2.工具链2.1.TychyonTachyon是为了利用多个计算机核心的优势而编写的光线追踪程序，其运行速度非常快，可以利用多个CPU核心的优势，快速生成高质量的图像，一般来说，光线追踪渲染器使用逼真的照明模型，可以正确地模拟阴影，这种照明与传统的点光源照明和定向照明配合使用，增

2021-08-25 21:07:29 16089

原创建模专题1:石墨烯-氧化石墨烯及各种纳米材料体系的构建方法

前言关于石墨烯，氧化石墨烯，碳纳米管，富勒烯等纳米材料体系搭建方法和工具有很多，这里只介绍目前来看最简单快捷的方式来创建这些结构方法和工具，无需任何基础，只需基本的电脑操作即可完成对这些体系的模型的构建。1.建模工具1.1.石墨烯及氧化石墨烯在线创建工具1.1.1.主要功能特点:该在线工具为李继存老师（其官网名为：哲科文）创作，主要用于创建gromacs模拟的石墨烯和氧化石墨烯结构文件。，获得该文件后可以使用vmd打开转换成（.pdb, .xyz, .mol等格式），可供其他计算模拟软件使用支

2021-07-17 15:04:01 7958

原创自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例

前言本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例，教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理，关于自由能计算原理和方法可以参考自由能专题1：原理及常见方法分析原理可以常考自由能专题2：计算与分析指南。该教程全部都经过本人的亲自的模拟和分析，确保无误，从实际操作出发，一步一步手动实现自由能的计算与分析，有助于理解自由能计算原理和结果分析。本教程主要采用GROMACS (5.1.4)分子动力学软件包来进行操作。以下案

2021-04-22 12:48:17 12714

原创自由能专题2：计算与分析指南

摘要：基于分子动力学模拟的自由能计算显示了从药物发现到物理性质预测和结构功能研究的巨大应用前景。。但是，这些计算仍然是困难和繁琐的分析，而且分析的最佳实践也没有得到很好的界定和推广。基本上，分析这些计算的每个小组都需要决定如何进行分析，并且，通常，开发自己的分析工具。在这里，我们回顾并推荐从分子模拟中获得可靠自由能的最佳分析实践。此外，我们提供了一个Python工具，alchemical-analysis.py，在GitHub上免费提供，作为pymbar包（位于http://github.com/c

2021-04-22 09:30:24 1638

原创 vmd分析密度的插件 Density Profile Tool的安装与使用

1.找你的VMD软件的安装目录，不确定的话可以使用vmd命令行工具查找。点击Extenions-TK-console,如下图，输入：puts $env(VMDDIR)2.把desityprofile1.1文件夹拷贝到上述路径下的/plugins/noarch/tcl.比如我的是D:/InstallList/myVMD/ plugins/noarch/tcl3. 把desityprofile1.1下的density_profile_init.tcl文件，拷贝到2中目录下的scripts/init.d

2021-04-21 22:31:30 4767

原创自由能专题1：原理与方法

1.认识自由能1.1.自由能的由来自由能是指在某一个热力学过程中，系统减少的内能中可以转化为对外做功的部分，它衡量的是：在一个特定的热力学过程中，系统可对外输出的“有用能量”。可分为亥姆霍兹自由能和吉布斯自由能自由能是物理化学上讲的，我们首先要明确一点，自由能是自发过程的判据：一个过程的自由能降低就能自发进行；能自发进行的过程，其自由能必然降低。这就是热力学第二定律。在讲到这两种自由能的区别和联系的之前，先要简单的回顾下热力学的三大定律，热力学研究的，处于一定已知宏观约束条件下大量粒子组成的客观实体

2021-04-21 10:11:22 7512 1

原创 HTML核心系列1之DTD与实体

简介：Sgml、 HTML 和 XML 都是标记语言。 “标记”一词起源于编辑对作者手稿进行修改。编辑“标记”手稿，以突出某些领域。在计算机技术中，标记语言是一组单词和符号，它们突出显示文本以定义网页文档。例如，网页设计师使用标记语言来分隔段落并用黑体字表示字母。一旦理解了 SGML、 HTML 和 XML 在 web 设计中的作用，就会看到这些不同语言之间的相互关系。简而言之，SGML、 HTML 和 XML 是一系列有助于使网站功能化和网页设计动态化的语言。SGML在这个标记语言家族中，

2020-06-18 23:35:36 314

原创懂你网络系列10之网络安全中的CSRF攻击

一.简介CSRF 英文全称是 Cross-site request forgery，所以又称为“跨站请求伪造”，也被称为 one-click attack 或者 session riding，通常缩写为 CSRF 或者 XSRF，是一种挟制用户在当前已登录的Web应用程序上执行非本意的操作的攻击方法。*跟跨网站脚本（XSS）相比，XSS 利用的是用户对指定网站的信任，CSRF 利用的是网站对用户网页浏览器的信任。 *对于大多数站点，浏览器请求将自动包括与该站点相关联的任何凭据，例如用户的会话cook

2020-05-30 20:24:26 992

原创懂你网络系列9之网络安全中的XSS攻击

一.简介通过系列8中同源的策略我们知道，由于其非绝对性，能通过在页面嵌入跨域资源，通过cors来来允许跨源访问和通过js中的API来实现跨文档消息机制，这些机制同时带了很多安全问题。当页面被注入了恶意 JavaScript 脚本时，浏览器无法区分这些脚本是被恶意注入的还是正常的页面内容，所以恶意注入 JavaScript 脚本也拥有所有的脚本权限。这其中最典型的就是XSS（Cross-site scripting，XSS）攻击了，为了与“CSS”区分开来，故简称 XSS，翻译过来就是“跨站

2020-05-28 14:38:48 952

原创在vue-cli4中安装sass及报错解决方法

安装方法：遇到报错三步走第一步：用淘宝镜像安装resources-loader，vue add多半报错 cnpm install style-resources-loader vue-cli-plugin-style-resources-loader -D第二步：安装node-sass和sass-loader cnpm install node-sass -D cnpm install sass-loader -D第三步：创建vue.config.js配置文件，写入下列代码。const path

2020-05-27 22:03:05 7949 2

原创懂你网络系列8之同源策略

一.简介web世界最初是为知识共享而诞生的，所以开放是web世界的最基本的理念，我们的网站可以接入任何的资源的，可以去上传下载文本，图片，音频视频，软件等。但是这些行为如果在web世界绝对的自由，不施加任何限制的话，这将造成很多不可控的安全问题，比如我常见的钓鱼网站，如果没有一些安全措施，这些恶意的站点可以为所欲为，例如：修改银行站点的 DOM、CSSOM 等信息；在银行站点内部插入 JavaScript 脚本；劫持用户登录的用户名和密码；读取银行站点的 Cookie、IndexDB 等数据；甚至还可以将

2020-05-27 10:54:42 1339

原创懂你网络系列7之浏览器缓存cookie,sessions,localStorage,seesioStorage,indexDB

一.浏览器缓存背景由于http是一种无状态的协议，用户在浏览器上的每一次行为都将发送到服务器，而服务器却没法记住跟踪和记录这些行为，以至于相同的行为也会触发请求，这给网络通信带来了极大的性能开销。 HTTP Cookie（也叫Web Cookie或浏览器Cookie）是服务器发送到用户浏览器并保存在本地的一小块数据，它会在浏览器下次向同一服务器再发起请求时被携带并发送到服务器上。通常，它用于告知服务端两个请求是否来自同一浏览器，如保持用户的登录状态。Cookie使基于无状态的HTTP协议记录稳定的状态

2020-05-25 18:33:17 1330