超算集群下编译 VASP + VTST 指南

超算集群下编译 VASP + VTST 指南

如何在超算集群下编译vaspvtst 项目地址: https://gitcode.com/Resource-Bundle-Collection/e6cca

本文档提供了在超算集群下编译 VASP 和 VTST 的详细步骤。VASP 是一款广泛使用的第一性原理计算软件，而 VTST 是 VASP 的一个扩展工具，提供了多种过渡态计算方法。以下是编译过程的详细说明。

前提条件

1. 超算集群访问权限：确保你已经获得了超算集群的访问权限，并且熟悉基本的集群操作。
2. VASP 和 VTST 源码：下载 VASP 和 VTST 的源码包，并上传到集群的指定目录。

编译步骤

1. 解压源码包

首先，解压上传的 VASP 和 VTST 源码包：

tar -zxvf vasp.5.4.4.tar.gz
gunzip vtstcode-179.gz

2. 打补丁

如果使用的是 VASP 5.4.4 版本，需要打补丁：

cp patch.5.4.4.16052018 /vasp.5.4.4
cd /vasp.5.4.4
patch -p0 < patch.5.4.4.16052018

3. 修改源码

修改 src/main.F 源码

在 src/main.F 文件中，找到以下代码并进行修改：

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS, DYN%POSION, TOTEN, TIFOR, &
                 LATT_CUR%A, LATT_CUR%B, IO%IU6)

修改为：

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS, DYN%POSION, TOTEN, TIFOR, &
                 TSIF, LATT_CUR%A, LATT_CUR%B, IO%IU6)

修改编译配置

在 src/objects 文件中，在 chain.o 前添加以下内容：

bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \

4. 编译 VASP

加载必要的编译库并进行编译：

module avail
module load apps/vasp/intelmpi/5.4.1
module load mpi/intelmpi/2017.4.239
make all

编译完成后，检查生成的可执行文件：

ls /bin

如果显示 vasp_gam, vasp_ncl, vasp_std，则编译成功。

结束语

至此，你已经成功在超算集群下编译了 VASP 和 VTST。接下来，你可以提交脚本进行计算模拟。注意，运行脚本时需要加载自己用户下的 vasp_std，以避免使用集群默认的版本。

希望本文档对你有所帮助！

如何在超算集群下编译vaspvtst 项目地址: https://gitcode.com/Resource-Bundle-Collection/e6cca