如何在超算集群下编译 vasp+vtst

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前提

超算集群内vasp的编译一般是不把vtst编译进去，导致某些需要用到vtst辅助计算的小伙伴们发愁，因为vtst不能独立于vasp编译和使用。在参考了多篇原Po的博文后， 小编Grasui在此给大家整理出适用于超算集群的vasp+vtst编译。
首先在集群下登录，最好新建一个文件夹

mkdir vasp

把下载好的vasp和vtst压缩包上传到vasp文件夹下，下载地址如下：
VASP：https://www.vasp.at/
VTST: http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts.html
为了让小伙伴绕过不必要的坑，小编Grasui已经把这两个压缩包准备好啦，中间也遇到不可言说的心酸（坑），快夸夸给我！嘿嘿！

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提取码：7z4q

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***如果小伙伴想尝试亲自下载，由于vasp的5.4.4版本有bug，需要打补丁，别忘了把 patch连同下载和上传；vasp的5.4.1版本则不需要。

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Grasui编在这里用vasp.5.4.4为例为教大家编译，是不是迫不及待啦？！

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1. 把上传的压缩包解压

tar –zxvf vasp.5.4.4.tar.gz #用tar -zxvf命令解压
gun zip vtstcode-179.gz #用gun zip命令解压
cp patch.5.4.4.16052018 ./vasp.5.4.4 #把补丁复制到vasp.5.4.4文件夹内
cd ./vasp.5.4.4 #进入vasp.5.4.4文件夹内
patch -p0 < patch.5.4.4.16052018 #打补丁
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
#接下来把vtstcode里的文件copy到src/里，copy最好先把chain.F备份
cp src/chain.F src/chain.F-org
cp ../vtstcode-179/* src/

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2. 接下来要在一些文件修改和添加

（1）修改src/main.F源码

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, & 
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) 

变为（注意后两行）：

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, & 
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) 
!    LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) 

如何替换呢？如果小伙伴可以可视化编辑 main.F，替换轻松多啦！当然不可视也可以做到替换，命令如下：
vim src/main.F
:/CALL CHAIN_FORCE #vim下检索命令
a #vim下可编辑模式，小伙伴就可以替换啦！替换结束后按下esc键退出编辑
:wq #保存并退出

（2）修改编译配置src/.objects，在chain.o前，添加如下内容

bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \ 
fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \ 

小伙伴一定要在chain.o前面添加添加命令如下：
vim src/.objects
#由于.objects文件是隐藏的，想可视化编辑的小伙伴就要碰壁啦
:/chain.o #vim下检索
a #编辑模式，添加完成后按下esc键退出编辑
:wq #保存并退出

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3. 完成以上操作，基本完成了编译前的铺垫工作，接下来就可以编译啦!

module ava #查看集群下的所有编译库，主要用到intel、mpi库
module load apps/vasp/intelmpi/5.4.1 #加载编译库
module load mpi/intelmpi/2017.4.239
#加载编译库，缺少任意一个库或者加载不对的库都会出现编译错误
make all
#小伙伴可以去冲杯咖啡，犒劳下自己（嘿嘿），等待大约20min
ls ./bin
#如果显示vasp_gam vasp_ncl vasp_std，编译大功告成！

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结束语

到此，小伙伴就可以提交脚本做计算模拟啦！
注意run.slurm（运行脚本）要修改下srun那一行，加载自己用户下的vasp_std,否则还是会用集群下vasp_std,谨记！
关于运行效率，暂时还未验证，后续会给出数据，嘿嘿！

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