GEMMA：高效混合模型关联分析工具

GEMMA：高效混合模型关联分析工具

GEMMA Genome-wide Efficient Mixed Model Association 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gem/GEMMA

项目基础介绍和主要编程语言

GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association）是一个用于全基因组关联研究（GWAS）的软件工具包。该项目主要使用C++编程语言开发，旨在通过线性混合模型（LMM）及其相关模型，快速应用于大规模基因组数据集的分析。

项目核心功能

GEMMA的核心功能包括：

1. 快速关联测试：使用单变量线性混合模型（LMM）进行快速关联测试，能够校正群体结构和样本非可交换性。
2. 多变量关联测试：支持多变量线性混合模型（mvLMM），能够在GWAS中校正群体结构和样本（非）可交换性，联合分析多个复杂表型。
3. 贝叶斯稀疏线性混合模型（BSLMM）：用于估计遗传力（PVE）、表型预测和多标记建模。
4. 方差分量估计：支持从原始数据或汇总数据中估计方差分量，使用HE回归或REML AI算法进行估计。

项目最近更新的功能

根据最新的发布说明（RELEASE-NOTES.md），GEMMA最近的更新包括：

1. 性能优化：对代码进行了优化，提高了计算效率和稳定性。
2. 新算法支持：增加了对MQS算法的支持，用于从汇总数据中估计方差分量。
3. 用户界面改进：改进了命令行界面的用户体验，增加了更多的调试选项和帮助信息。
4. 跨平台支持：增强了在64位MacOS、Windows和Linux平台上的兼容性和稳定性。

GEMMA是一个功能强大且不断发展的工具，适用于基因组学和统计学领域的研究人员和开发者。

GEMMA Genome-wide Efficient Mixed Model Association 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gem/GEMMA