QuickVina 2 安装和配置指南

QuickVina 2 安装和配置指南

qvina Accurately speed up AutoDock Vina 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/qv/qvina

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

QuickVina 2 是一个快速且准确的分子对接工具，旨在准确加速 AutoDock Vina。它通过测试 195 个蛋白质-配体复合物（来自 PDBbind 2014 核心集），展示了高达 20.49 倍的加速效果。QuickVina 2 不仅速度快，而且在准确性上也表现出色，其与 AutoDock Vina 的结合能相关系数达到了 0.967（第一预测模式）和 0.911（所有预测模式的总和）。

主要编程语言

QuickVina 2 主要使用 C++ 和 C 语言进行开发。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• 分子对接：QuickVina 2 专注于分子对接，特别是蛋白质-配体相互作用。
• 加速算法：通过优化搜索算法，QuickVina 2 实现了对 AutoDock Vina 的显著加速。
• 准确性优化：在加速的同时，保持了高准确性，确保对接结果的可靠性。

框架

• AutoDock Vina：QuickVina 2 基于 AutoDock Vina 框架进行开发和优化。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

在开始安装 QuickVina 2 之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统：Linux 或 macOS（Windows 用户可能需要使用虚拟机或 WSL）。
• 编译工具：确保已安装 GCC 或 Clang 编译器。
• 依赖库：安装必要的依赖库，如 Boost 和 OpenBabel。

详细安装步骤

步骤 1：克隆项目仓库

首先，从 GitHub 克隆 QuickVina 2 的代码仓库：

git clone https://github.com/QVina/qvina.git
cd qvina

步骤 2：安装依赖库

确保您已经安装了所有必要的依赖库。例如，在 Ubuntu 系统上，您可以使用以下命令安装：

sudo apt-get update
sudo apt-get install libboost-all-dev libopenbabel-dev

步骤 3：编译项目

进入项目目录并编译代码：

mkdir build
cd build
cmake ..
make

步骤 4：配置和运行

编译完成后，您可以在 build 目录下找到可执行文件。将可执行文件移动到您的工作目录，并根据需要配置输入文件（如蛋白质和配体的 PDB 文件）。

cp qvina2 /path/to/your/working/directory/
cd /path/to/your/working/directory/
./qvina2 --config config.txt

配置文件示例

创建一个 config.txt 文件，内容如下：

receptor = protein.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt
center_x = 15.190
center_y = 53.901
center_z = 16.917
size_x = 20
size_y = 20
size_z = 20

运行结果

运行后，QuickVina 2 将输出对接结果到指定的输出文件中。

通过以上步骤，您应该能够成功安装和配置 QuickVina 2，并开始使用它进行分子对接任务。

qvina Accurately speed up AutoDock Vina 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/qv/qvina