RT-Utils 常见问题解决方案

RT-Utils 常见问题解决方案

rt-utils 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rt/rt-utils

项目基础介绍

RT-Utils 是一个用于处理 DICOM RTStructs 的 Python 库。它旨在帮助医生和其他用户查看在 DICOM 图像系列上执行的分割结果。RT-Utils 允许用户创建或加载 RTStructs，提取 3D 掩码，轻松添加一个或多个感兴趣区域（ROI），并保存生成的 RTStruct。该项目的主要编程语言是 Python。

新手使用注意事项及解决方案

1. 安装问题

问题描述: 新手在安装 RT-Utils 时可能会遇到依赖项安装失败或版本不兼容的问题。

解决步骤:

1. 确保 Python 版本兼容: RT-Utils 需要 Python 3.6 或更高版本。可以通过以下命令检查 Python 版本：

   python --version
   

   如果版本低于 3.6，建议升级 Python 版本。

2. 使用虚拟环境: 为了避免依赖冲突，建议在虚拟环境中安装 RT-Utils。可以使用 venv 或 conda 创建虚拟环境：

   python -m venv rt-utils-env
   source rt-utils-env/bin/activate  # 在 Windows 上使用 `rt-utils-env\Scripts\activate`
   

3. 安装 RT-Utils: 在虚拟环境中使用以下命令安装 RT-Utils：

   pip install rt-utils
   

2. 加载现有 RTStruct 失败

问题描述: 新手在尝试加载现有的 RTStruct 文件时可能会遇到文件路径错误或文件格式不正确的问题。

解决步骤:

1. 检查文件路径: 确保提供的 DICOM 系列路径和 RTStruct 文件路径是正确的。路径中不应包含多余的空格或特殊字符。

2. 验证文件格式: 确保 RTStruct 文件是有效的 DICOM 文件。可以使用 pydicom 库来验证文件格式：

   import pydicom
   ds = pydicom.dcmread('path_to_rtstruct.dcm')
   print(ds)
   

   如果文件格式不正确，pydicom 会抛出异常。

3. 使用正确的加载方法: 使用 RTStructBuilder.create_from 方法加载现有的 RTStruct：

   from rt_utils import RTStructBuilder
   rtstruct = RTStructBuilder.create_from(
       dicom_series_path="/testlocation",
       rt_struct_path="/path_to_rtstruct.dcm"
   )
   

3. 添加 ROI 时掩码格式错误

问题描述: 新手在添加 ROI 时可能会遇到掩码格式错误，导致无法正确添加 ROI。

解决步骤:

1. 检查掩码格式: 确保掩码是一个布尔类型的 3D NumPy 数组。掩码的每个切片应按升序排列。可以使用以下代码检查掩码格式：

   import numpy as np
   mask = np.array([...], dtype=bool)
   print(mask.shape)  # 应为 (z, y, x) 格式
   

2. 确保掩码与 DICOM 系列匹配: 掩码的尺寸应与 DICOM 图像系列的尺寸匹配。可以使用 pydicom 读取 DICOM 图像的尺寸：

   import pydicom
   ds = pydicom.dcmread('path_to_dicom_image.dcm')
   print(ds.pixel_array.shape)
   

3. 添加 ROI: 使用 add_roi 方法添加 ROI，并确保掩码格式正确：

   rtstruct.add_roi(mask=mask, color=[255, 0, 255], name="RT-Utils ROI")
   

通过以上步骤，新手可以更好地理解和使用 RT-Utils 项目，避免常见问题。

rt-utils 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rt/rt-utils