TransUNet 安装和配置指南

TransUNet 安装和配置指南

TransUNet This repository includes the official project of TransUNet, presented in our paper: TransUNet: Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TransUNet

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

TransUNet 是一个用于医学图像分割的开源项目，它结合了 Transformer 和 U-Net 架构，旨在提高医学图像分割的准确性和效率。该项目由 Jieneng Chen 等人开发，并在 GitHub 上开源。

主要编程语言

该项目主要使用 Python 编程语言。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• Transformer: 作为编码器，用于捕捉图像中的长距离依赖关系。
• U-Net: 经典的图像分割架构，用于解码和生成最终的分割结果。

框架

• PyTorch: 用于构建和训练深度学习模型。
• Google ViT: 预训练的 Vision Transformer 模型。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

1. Python 环境: 确保你已经安装了 Python 3.7 或更高版本。
2. CUDA 环境: 如果你有 NVIDIA GPU，建议安装 CUDA 以加速训练过程。
3. Git: 用于克隆项目仓库。

详细安装步骤

步骤 1: 克隆项目仓库

首先，使用 Git 克隆 TransUNet 项目到本地：

git clone https://github.com/Beckschen/TransUNet.git
cd TransUNet

步骤 2: 创建虚拟环境（可选）

为了隔离项目依赖，建议创建一个虚拟环境：

python -m venv transunet_env
source transunet_env/bin/activate  # 在 Windows 上使用 `transunet_env\Scripts\activate`

步骤 3: 安装依赖

使用 pip 安装项目所需的依赖：

pip install -r requirements.txt

步骤 4: 下载预训练模型

下载 Google 预训练的 ViT 模型，并将其放置在指定目录：

wget https://storage.googleapis.com/vit_models/imagenet21k/R50-ViT-B_16.npz
mkdir -p ./model/vit_checkpoint/imagenet21k
mv R50-ViT-B_16.npz ./model/vit_checkpoint/imagenet21k/R50-ViT-B_16.npz

步骤 5: 准备数据

项目提供了预处理的数据集，你可以直接使用。确保数据集路径正确配置。

步骤 6: 训练模型

使用以下命令开始训练模型：

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 python train.py --dataset Synapse --vit_name R50-ViT-B_16

步骤 7: 测试模型

训练完成后，可以使用以下命令测试模型：

python test.py --dataset Synapse --vit_name R50-ViT-B_16

注意事项

• 如果你的 GPU 内存不足，可以减少 batch_size 并相应地调整学习率。
• 确保所有路径配置正确，特别是数据集和预训练模型的路径。

通过以上步骤，你应该能够成功安装和配置 TransUNet 项目，并开始进行医学图像分割任务。

TransUNet This repository includes the official project of TransUNet, presented in our paper: TransUNet: Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TransUNet