3D-TransUNet 项目安装和配置指南

3D-TransUNet 项目安装和配置指南

3D-TransUNet This is the official repository for the paper "3D TransUNet: Advancing Medical Image Segmentation through Vision Transformers" 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/3d/3D-TransUNet

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

3D-TransUNet 是一个用于医学图像分割的开源项目，基于 Vision Transformers 和 U-Net 架构。该项目的主要目标是提高医学图像分割的准确性和效率。通过结合 Transformer 和 U-Net 的优势，3D-TransUNet 在处理复杂的医学图像数据时表现出色。

主要编程语言

该项目主要使用 Python 编程语言进行开发。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• Vision Transformers (ViT): 用于图像处理的 Transformer 模型，能够捕捉图像中的全局信息。
• U-Net: 经典的卷积神经网络架构，特别适用于图像分割任务。
• nnU-Net: 一个自适应的 U-Net 实现，能够自动配置数据预处理和模型训练参数。

主要框架

• PyTorch: 用于深度学习的开源框架，提供了丰富的工具和库来构建和训练神经网络。
• nnU-Net: 作为基础框架，用于数据预处理和模型训练。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统: Linux 或 macOS（Windows 系统也可以，但需要额外配置）。
• Python 版本: 3.7 或更高版本。
• CUDA 版本: 如果使用 GPU 进行训练，建议安装 CUDA 10.2 或更高版本。
• 依赖库: 安装必要的 Python 依赖库，如 torch, torchvision, numpy, scipy 等。

详细安装步骤

步骤 1: 克隆项目仓库

首先，从 GitHub 克隆 3D-TransUNet 项目到本地：

git clone https://github.com/Beckschen/3D-TransUNet.git
cd 3D-TransUNet

步骤 2: 创建虚拟环境（可选）

为了隔离项目依赖，建议创建一个虚拟环境：

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate  # 在 Windows 上使用 `venv\Scripts\activate`

步骤 3: 安装依赖库

使用项目提供的 requirements.txt 文件安装所有必要的依赖库：

pip install -r requirements.txt

步骤 4: 配置数据预处理

3D-TransUNet 依赖于 nnU-Net 进行数据预处理。您需要按照 nnU-Net 的官方文档配置数据路径和预处理步骤。具体步骤可以参考 nnU-Net 官方文档。

步骤 5: 训练模型

使用项目提供的训练脚本开始训练模型：

sh scripts/train.sh

步骤 6: 进行推理和评估

训练完成后，您可以使用推理脚本进行模型推理和评估：

sh scripts/inference.sh

注意事项

• 在训练和推理过程中，确保您的数据路径和配置文件正确无误。
• 如果使用 GPU 进行训练，请确保 CUDA 和 cuDNN 已正确安装并配置。

通过以上步骤，您应该能够成功安装和配置 3D-TransUNet 项目，并开始进行医学图像分割任务。

3D-TransUNet This is the official repository for the paper "3D TransUNet: Advancing Medical Image Segmentation through Vision Transformers" 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/3d/3D-TransUNet