在使用fasta-toolkit的过程中fastq_quality_boxplot_graph.sh时需要安装gnuplot这个软件
安装步骤网上都能google到,这里就不介绍了。
简单说下遇到的问题
1.使用时会缺少prologue.ps文件
这个文件应该是一个配置文件,所使用的软件会提供这个配置文件,也可以自己编辑设置。另外这个文件需要加入到gnuplot的loadpath中。可以在gnuplot中输入set loadpath设置路径。
2.使用时会有unknown or ambiguous terminal type type just 'set terminal' for a list这个问题
这个问题是由于libgd的版本低造成的需要在终端中安装libgd2以上的版本
ubuntu中输入sudo apt-get install libgd2-dev安装
安装之后在重新安装gnuplot就可以在set terminal命令下看到更多能够支持的类型包括.png .jpg .gif等等