Bioinformatics
文章平均质量分 71
GodSunshine
这个作者很懒,什么都没留下…
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SAM/BAM ALIGNMENT FORMAT 格式说明
SAM/BAM ALIGNMENT FORMAT 格式说明The output of the ‘aln’ command is binary and designed for BWA use only. BWA outputs the final alignment in the SAM (Sequence Alignment/Map) format. Each line cons翻译 2016-04-16 11:09:34 · 1457 阅读 · 0 评论 -
测序质量值的意义
续上一篇,FASTQ格式的每第四行表示这条序列的质量值。用ACSII码表示。测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的,例如红黄蓝绿分别对应ATCG,因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。Phred Quality ScoreProbability of incorrect base callBase call accuracy10原创 2016-07-18 22:39:15 · 28109 阅读 · 3 评论 -
FASTQ 格式说明
FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式。目前几乎是高通量测序数据的标准格式。FASTQ格式每四行描述一条测序序列信息:第一行由'@'开始,后面跟着序列的ID信息,这点跟FASTA格式是一样的。第二行是序列。第三行由'+'或者'-'开始,后面也可以跟着序列的描述信息。第四行是第二行测序序列的质量评价,字符数跟第二行的序列是相等的,一一原创 2016-07-18 22:35:08 · 6755 阅读 · 0 评论