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RSS订阅原创 解决共线性分析MCScanX软件error: cannot find symbol之报错（GitHub之没解决的issue）
共线性分析工具报错处理“error: cannot find symbol”
2022-12-14 11:25:54
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原创 Very靠谱解决include/except.h:15:32: error: conflicting declaration ‘typedef struct Except_Fra报错
include/except.h: error: conflicting declaration ‘typedef struct ……声明冲突报错，原因不在安装软件，而是bioconda的问题，2017版之前的GMAP经常出现这问题，这是编译过程出现头文件覆盖，导致一些软件安装编译时出错。之前外网挺多类似报错。
2022-08-24 11:34:32
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原创 一个靠谱解决办法TO：Collecting package metadata (current_repodata.json): failed （& PackageNotInstalledError）
一个靠谱解决办法TO：Collecting package metadata (current_repodata.json): failed （& PackageNotInstalledError: Package is not installed in prefix）
2022-06-30 16:16:27
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原创 linux ‘tar: not found in archive‘错误处理
当使用 tar -xzf *.tar.gz 解压目录中所有 .tar.gz 文件时，出现 tar: not found in archive错误。 但逐个手动提取，如tar -xzf nt.00.tar.gz不会出现报错。（网页提到加 -C， tar -xzf *.tar.gz -C ./ 并不能解决问题）原因： tar 的参数语法在命令行中只接受一个 tar，其余的被解释执行为其他东西。解决方式一：xargs命令 ls *.tar.gz |xargs -n1 tar -zxvf 解决方式二：
2021-09-01 12:11:27
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原创 fq,fa,fna,ffn,faa都是什么鬼，与fasta,fastq格式有什么关系？终于1分钟搞懂了
fasta与fastq的区别：fasta格式（格式缩写为fa）是一种存储核酸或氨基酸序列的文本格式 ，允许在序列前定义名称和编写注释。 已成为生物信息学的标准格式，格式简单，多种文本处理工具和 Python等脚本语言处理均可对其直接处理。结构分两行，第一行序列标识（ID），第二行为序列信息。fastq格式（格式缩写为fq）是一种存储生物序列和对应序列质量的文件格式。 现已成为存储高通量测序数据的事实标准，相当于fasta的plus（+quality）版。结构分为四行，第一行序列标识（ID），第二行为序列
2021-09-01 10:14:41
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原创 实践版基因测序构建本地NT库（NCBI）（多个压缩包）
基因测序进行大量数据blast，为了节省时间，可以构建本地nt库，避免再到网页一步步检索。1、下载nt库#查看可下载的NCBI资源库update_blastdb.pl --showall#自动下载所需nt库（如用Perl工具，即:perl update_blastdb.pl nt）update_blastdb.pl nt#Aspera下载（速度快）ascp -l -k 1 -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.op
2021-08-31 10:49:56
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原创 三代ONT测序的fast5和fastq数据中pass、fail和skip三个文件夹含义
牛津纳米孔技术(ONT，Oxford Nanopore Technologies)公司的生产的测序产品从小到大，常用的主要是接512通道芯片的MinION和接3000通道芯片的PromethION两款测序仪。其中两者均可生产包括原始fast5格式数据（包含测序条件等数据）和碱基识别后的fastq格式数据（含质量值的数据）。如图最新一次MinION下机数据，其中电脑驱动软件为MinKNOW(内置Guppy)。fast5_fail是指下机不合格数据，fast5_pass是指下机合格数据，fas.
2021-08-27 10:51:29
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原创 Ubuntu安装最新版CUDA和cuDNN（TO小白）
Ubuntu安装最新版CUDA和cuDNN（TO小白）三代测序GPU环境搭建牛津纳米孔测序ONT碱基识别碱基判读Guppy(GPU版本)生物信息软件使用显卡环境搭建guppy_basecaller,basecalling,barcoding……
2021-08-26 12:58:48
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原创 C++调用python基本数据类型实例--锲而不舍的trying
继昨天翻译完官方文档之后依然没搞明白到底C++是怎么调用python模块的，于是乎，本废柴少女决定今天再一次勇敢尝试。可以当废柴，但躺着当一枚废柴就真的是条咸鱼了。orzokay，to be serious now------------------------------------------------------------------------------------------...
2018-10-31 18:27:06
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翻译 【翻译】将Python嵌入到另一个应用程序中--from官网
最近因为项目上需要用C++调用python语言训练好的模型，不得已开始查这方面的资料，正好看到官方文档的第五章将Python嵌入到另一个应用程序中有讲到这方面的知识，正好翻译一下，也贡献给有需要的小伙伴。（注意：本章中主要讲到的是将python嵌入C程序中）ps: 文中部分翻译可能不太恰当，欢迎小伙伴们进行批评指正~5.在另一款应用程序中植入python在之前的章节中已经讨论了如何扩展pyt...
2018-10-29 17:08:16
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空空如也
空空如也
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