在Centos上编译SCUFF-EM

一、前言

SCUFF-EM是一款免费开源软件，基于边界元方法（BEM），计算电磁散射。更具体地，SCUFF-EM 使用RWG（Rao-Wilton-Glisson）基函数来计算BEM中的EFIE（Electric-field integral equation）和PMCHWT（Poggio-Miller-Chang-Harrington-Wu-Tsai）方程。
SCUFF-EM作为一种专业化工具，模拟由于涨落导致的电磁现象——Casimir force、radiative heat transfer——和nanophotonics的应用。

二、编译SCUFF-EM

1. 安装 Centos（推荐使用）

下载官方镜像CentOS-7-x86_64-Everything-2009.iso和VMware Workstation Pro，参考官方安装教程。
也尝试过Ubuntu版本，但是安装package会遇到众多问题，最tricky的部分是镜像源问题，参考其他博主给出的solution，仍无法解决，宣告放弃。😦

2. 下载SCUFF-EM

git clone https://github.com/HomerReid/scuff-em.git

这里非常折磨人！ 😒
git clone 非常慢卡，试了许多solution无效，果断放弃，直接在官网下载。如果在Windows下载SCUFF-EM，移到Linux里，由于脚本格式兼容（一般是换行符，Windows：\r\n Linux：\n），编译时会报错。
解决办法：

yum -y install dos2unix
dos2unix filename    %filename为整个文件夹名

为避免这种麻烦，可以直接在Linux里下载。

3. 环境配置

yum -y install gcc gcc-c++ kernel-devel   %GNU编译套件
yum -y install lapack-devel blas-devel hdf5-devel (hdf5-openmpi-devel) libomp-devel   %devel版本，包含header files

补充知识：不带devel后缀的package，通常只包含能让程序运行的动态库和配置文件；带devel后缀的package，则包含使用这个package开发程序的所有的必需文件，比如header files等。有时devel package还包含静态库。

yum -y install python3-devel numpy-devel
yum -y install mesa-libGLU-devel    %图形接口
pip3 install gmsh   %3D有限元网格划分生成器（3D finite element mesh generator）

启动GMSH进行3D网格划分，必须安装python3和mesa-libGLU，后者实现图形窗口的创建。
注意：mesa是Linux下OPENGL的实现，glu是OPENGL的实用库。

4. 生成makefile文件

./configure --prefix=${HOME}/scuff-em-installation  %sh autogen.sh

prefix： 把程序文件配置在指定路径，makefile文件仍在本地。
注意：在Centos 系统中，目录${HOME}在user权限下指向/home/user，在root权限下指向 /root。

5. 编译

make

6. 安装

make -j 1 install 

j：配置CPU核数。

7. CPU效率测试

cd ${HOME}/scuff-em-installation/share/scuff-em/examples   %任选一个例子
.RunScript.xxx   %执行脚本

说明：打开第二个terminal window，输入top监测系统运行状况，CPU一列代表使用效率，N×100%，N表示CPU core的使用数目。

三、结束语

距离第一篇的发布，已经过去两年了！
那一篇是关于如何在超算上编译VASP，这一篇是关于如何在Linux里编译SCUFF-EM。
有编译问题或者学术问题可以找我一起讨论！
E-mail：Grasui