思维导图：从Xmind到docsify博客

东山月光下

已于 2022-02-25 22:11:26 修改

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分类专栏：个人博客文章标签：前端思维导图

于 2022-02-25 22:07:59 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/gxf1212/article/details/123142111

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今天终于考完了本该一年前考完的试，明天考完准备开启大四下的躺平生活（雾）。重温这一遍基因工程还是有所收获的，除了专业进步还发现了这一冷知识。

折腾成果：点击查看

步骤：

配置你的博客
iPad端导出xmind为markdown
用写的程序处理
粘到markdown里

第一步

工具GitHub地址 demo

按照官网操作即可，把需要的代码插入你的index.html的相应位置。（以下和官网相同）

<!DOCTYPE html>
<html>
  <head>
    <link rel="stylesheet" href="//unpkg.com/docsify/lib/themes/vue.css">
  </head>
  <body>
    <!-- markmap is based on d3, so must load those files first. -->
    <script src="//unpkg.com/d3@3/d3.min.js"></script>
    <script src="//unpkg.com/markmap@0.6.1/lib/d3-flextree.js"></script>
    <script src="//unpkg.com/markmap@0.6.1/lib/view.mindmap.js"></script>
    <link rel="stylesheet" href="//unpkg.com/markmap@0.6.1/style/view.mindmap.css">

    <div id="app"></div>
    <script>
      window.$docsify = {
        mindmap: {
          // https://github.com/dundalek/markmap
          markmap: {
            preset: 'colorful', // or default
            linkShape: 'diagonal' // or bracket
          }
        }
      }
    </script>
    <script src="//unpkg.com/docsify@4/lib/docsify.min.js"></script>
    <script src="//unpkg.com/docsify-mindmap/dist/docsify-mindmap.min.js"></script>
  </body>
</html>
# Plain text

第二步

打开一个markdown文件，写入：

```mindmap
root
  topic1
    subtopic
  topic2
    subtopic
```

就会呈现思维导图结构

（长什么样子还是自己看官网吧：https://up9cloud.github.io/docsify-mindmap/test/demo.html）

等会，是不是觉得这个结构很像markdown？

Xmind可以转json，但转换太复杂，必须把字典字符串合理得换行。。

第三步

从Xmind导出你的思维导图为markdown。我试的时候iPad上可以，但电脑端要收钱（发现bug？）

大概是这个样子：

## Chp 3 Obtaining Target Genes
### From genomic/plasmid DNA
#### Genome: isolation
##### 研磨+裂解液
###### 吸附柱+漂洗洗脱
###### 酚+氯仿，醇沉淀
#### Plasmid: alkaline isolation
##### Resuspension
###### Glucose, RNase, EDTA
##### Lysis
###### NaOH, SDS
##### Neutralization
###### High salt HAc buffer
###### Plasmid renaturation
### From genomic/cDNA library
#### Library
##### Into fragments, into vectors, into host
##### Complete, stable
###### capacity*clone number
#### Genome
(gDNA)
##### 
##### Steps
###### Extract genomic DNA
###### Partially digestion
* Choose enzyme and time
* Pick fragments whose length fit the vector
###### Insert into vector and transform
###### Screening
* With nucleic acid probes/antibody
(Replicate to NC membrane)
* With resistance gene
##### gDNA lib
Signigicance
###### Stable storage
###### Enrichment and amplification
###### Genome profiling and find unknown genes
#### cDNA
##### Steps
###### Extract mRNA
* Affinity chromatography: oligo-dT(poly a tail) cellulose
###### Synthesis of cDNA
* template chain
    * Oligo dT primer
    * Random primer
    * Gene specific primer
* 2nd strand
    * method1
        * remove RNA
            * RNase H
        * coding chain
            * 3’ folds back as primer
            * S1 nuclease cut hairpin
    * method2
        * No removal
        * Gene specific reverse primer
        * Or add poly C
        oligo-dG as primer

第四步

观察代码特点，写程序转换成所需格式。

策略：设计者应该是把空两个作为一个tab的，我们进行文本替换，把一个#换成两个空格。其实很简单

这个例子包括了所有需要注意的问题：

chapter那里没有缩进，所以每行都应删去两个#
所有#结束后有一个空格，一并删去
*是七级标题，处理前替换为七个#
七级标题往下改用四个空格的缩进，所以把四个空格替换为一个#
有的地方我用了强制换行，需要退回上一行

所以代码如下：

def parse_md(path):
    # read file
    with open(path + '.md', 'r', encoding='utf-8') as f:
        lines = f.readlines()
    # process, to be consistent
    for i in range(len(lines)):
        if '*' in lines[i]:
            lines[i] = lines[i].replace('*', '#######')  # *是七级标题
        if '    ' in lines[i]:
            lines[i] = lines[i].replace('    ', '#')  # 假设不会再出现这样的四个空格了
        if lines[i][0] != '#' and lines[i][0] != '*':  # 处理强制换行
            lines[i-1] = lines[i-1].strip('\n') + ' ' + lines[i]  # 上一行去掉换行符，拼上这一行
            lines[i] = ''  # 清空这一行
    # transformation
    with open(path + '.txt', 'w') as f:
        for line in lines:
            l = line.replace('## ', '').replace('�', '')
            # 若按章节分开，就删去两个#，根据需要调整；并删去可能的乱码
            f.write(l.replace('#', '  '))  # 两个空格


path = 'test'  # 不要加.md
parse_md(path)

比如上面的例子转换后就是

Chp 3 Obtaining Target Genes
  From genomic/plasmid DNA
    Genome: isolation
      研磨+裂解液
        吸附柱+漂洗洗脱
        酚+氯仿，醇沉淀
    Plasmid: alkaline isolation
      Resuspension
        Glucose, RNase, EDTA
      Lysis
        NaOH, SDS
      Neutralization
        High salt HAc buffer
        Plasmid renaturation
  From genomic/cDNA library
    Library
      Into fragments, into vectors, into host
      Complete, stable
        capacity              clone number
    Genome (gDNA)
      
      Steps
        Extract genomic DNA
        Partially digestion
          Choose enzyme and time
          Pick fragments whose length fit the vector
        Insert into vector and transform
        Screening
          With nucleic acid probes/antibody (Replicate to NC membrane)
          With resistance gene
      gDNA lib Signigicance
        Stable storage
        Enrichment and amplification
        Genome profiling and find unknown genes
    cDNA
      Steps
        Extract mRNA
          Affinity chromatography: oligo-dT(poly a tail) cellulose
        Synthesis of cDNA
          template chain
            Oligo dT primer
            Random primer
            Gene specific primer
          2nd strand
            method1
              remove RNA
                RNase H
              coding chain
                3’ folds back as primer
                S1 nuclease cut hairpin
            method2
              No removal
              Gene specific reverse primer
              Or add poly C
    oligo-dG as primer

结果会保存在同名.txt文件中，复制到你的文档里，代码类型为mindmap，部署后就可以看到了。

另外还发现这个插件的一些特点