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RSS订阅原创 烂电脑也能利用vsearch+usearch注释物种和out_table, 摆脱qiime2.
在Linux里解压，不用命令也可以解压，右键Extract Here然后把解压的换名，例如：usearch11.0.667_i86linux32换成usearch，这样是更方便使用，然后把解压的usearch 移动到/usr/bin，依然是右键然后Rename。用到的路径均是绝对路径，这也是我的一向风格。# otu去嵌合体: 去嵌合体有两种方法：一是基于参考数据库，一是基于无参考数据库的 denovo 方法。1、批量序列合并和重命名，本命令是遍历所有你的前端和后端fq文件，相信大家的不会只有一个fq文件。
2024-01-21 22:37:32
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原创 16S扩增子Qiime2。从fq，fastqc等格式文件到OTU table（更详细）
如果测序数据的引物序列为515F和806R，可以选择Silva 138按99% OTUs聚类V4区515F/806R的序列。人家老大哥原话，更好理解：在qiime2网站中查看上一步得到的paired-demux.qzv，得到碱基质量值下降位点，使用p-trunc-len-f和p-trunc-len-f切除质量差的碱基。本测序数据的引物为338F和806R， p-front-f和p-front-r处分别输入自己的F和R端引物序列。1、 去除引物序列(本人的数据不知道引物序列，因此没做)
2024-01-17 18:16:29
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原创 在Linux中的qiime2。安装一天的fastqc，找到最好的解决办法
本人试了一天fastqc的安装，老是安装不了，最后在下文链接找到解决方法。
2024-01-17 00:49:06
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原创 在安装qiime2时遇到的问题
报错一：Solving environment: | Out of memory allocating 2315255808 bytes!安装源：conda config --add channels http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main。报错二：Solving environment: failed/killed/已杀死。换回默认源：conda config --remove-key channels。解决办法：先换回默认源，在用其他源。
2024-01-15 23:02:18
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原创 关于R语言读取文件失败原因
我们在读取txt文件格式的时候，有时会出现错误，这可能是我们在另存为txt格式或者其他原因导致输出了空格。问题解决办法就是把这些空格给删除掉。
2023-12-28 10:58:14
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原创 关于在UBUNTU系统中使用pycharm2016，python3.5安装数据库mysql出现的一系列问题
django.core.exceptions.ImproperlyConfigured: Error loading MySQLdb module: No module named 'MySQLdb'django.db.utils.OperationalError: (1045, “Access denied for user ‘root‘@‘localhost‘ (using password:YES)AttributeError: 'str' object has no attribute '.
2022-07-22 12:25:13
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转载 将word文档中已批注的名字改为自己想要的
我们在修改论文或者文章时，需要将批注改为其他名字，但是，在word文档中实现不了，我们得另寻他法。1.将文档转换为docx格式2.修改后缀名为zip，不用解压3.直接双击压缩文件，找到word/document.xml，使用记事本或者其他纯文本编辑器打开4.查找w:author这一关键字，找到你想要替换的批注者5.将=其后的字符串替换为你需要的批注者名称，保存6.再将zip文档的后缀修改为docx...
2022-05-24 20:15:41
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原创 用Python实现从文件夹中提取多个excel列表的重复值
虽然excel也能够很简单的实现，但是用Python也未尝不是一种新思路，可以自己试着把文件路径改下，自己体验。import xlrdfrom collections import Counterdata = xlrd.open_workbook("C:/Users/我是弱智/Desktop/1233.xls")data1 = xlrd.open_workbook("C:/Users/我是弱智/Desktop/456.xls")sheet = data.sheet_by_index(0)#获
2022-04-28 09:55:16
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空空如也
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