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不锈铁
想去更高的山,更远的水,见识更好的风景。
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metawrap宏基因组数据处理流程(亲测有用)
MetaWRAP旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包,从头到尾完成宏基因组分析的核心任务:序列质量控制、组装、可视化、分类分析、提取基因组草图(又称分箱binning)和功能注释。此外,metaWRAP将bin提取和分析提升到了一个新的层次(参见下面的模块概述)。虽然没有简单的最佳方法来处理宏基因组数据,但在深入研究分析参数之前,metaWRAP是一种快速而简单的方法。MetaWRAP可应用于多种环境,包括肠道、水和土壤微生物组(详情请参阅MetaWRAP手册)原创 2023-02-12 12:55:24 · 3943 阅读 · 2 评论 -
16s数据库
文章目录一、Greengenes数据库二、SILVA数据库三、RDP数据库一、Greengenes数据库Greengenes数据库由Lawrence Berkeley National Laboratory构建。最新版本为13.8,它对13.5的序列分类进行了修正,13.5版本总共收录16S rRNA序列1,262,986条。这是非冗余的序列,Greengenes可以用Export工具实现对数据的过滤,输出定制的数据库。qiime软件中默认使用的是greengene数据库,为97_otus.fasta这原创 2023-02-11 20:52:21 · 2229 阅读 · 0 评论 -
python包--pandas的用法(最全pandas的用法--数据处理十分有用,后面会一直更新)
pandas是一个是一个python包,可以很大程度上加快我们对数据的处理。花费时间把这个包平常经常用到的函数整理一下,方便大家,也方便自己使用。原创 2022-10-06 20:13:05 · 3389 阅读 · 0 评论 -
contig N50---小脚本
基因组N50, GC 含量计算原创 2022-08-17 23:27:04 · 2944 阅读 · 0 评论 -
从EBI中ENA数据库下载原始数据accession的详细信息以及序列
文章目录1. ENA 数据库的检索功能1. 简单搜索2. 复杂搜索2. ENA 数据库中的accession的详细信息下载3. ENA 数据库中的accession的序列下载学生物的大概都会用到EBI数据库,而其中的ENA数据库更是包含着丰度的序列信息,那么怎么获取他们呢?1. ENA 数据库的检索功能ENA数据库网址:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home在下载信息之前首先是检索信息:1. 简单搜索如下图,直接搜多sediment的信息,就会有很多相关的序原创 2022-02-12 23:36:48 · 6923 阅读 · 0 评论 -
爬虫----51job信息爬取
文章目录直接上代码结果展示直接上代码import pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltfrom selenium.webdriver import Chromefrom selenium.webdriver.common.by import Byfrom selenium.webdriver.chrome.options import Optionsimport timeimport csvurl = r'https://login.51原创 2022-01-01 15:19:47 · 2205 阅读 · 2 评论 -
Selenium Chrome驱动安装(windows系统)
文章目录Selenium Chrome驱动安装(windows系统)安装步骤测试Selenium Chrome驱动安装(windows系统)驱动下载网址:https://npm.taobao.org/mirrors/chromedriver/界面如下:安装步骤找到谷歌的设置按钮,查找对应的版本找到版本信息,找到对应的下载号这里版本是96.0.4664.110,而最新的驱动是:96.0.4664.45,下载这个就行。点击上面的96.0.4664.45链接,找到对应的下载选项,(wind原创 2021-12-29 14:41:49 · 580 阅读 · 0 评论 -
解决pip install pycrypto错误:“Microsoft Visual C++ 14.0 or greater is required“
文章目录报错问题解决方法报错问题pip install pycrypto报错:解决方法在python3中,模块pycrypto已经被pycryptodomex代替。直接pip install pycryptodomex 就可以了原创 2021-12-22 22:51:42 · 1083 阅读 · 0 评论 -
python学习心里之——再学习
文章目录1. python之初学1.1 python是什么?1.2 python的文件1.3 python命令行形式1.4 变量的赋值1.5 变量的运算1.6 更深层次1. python之初学在学习一个东西的时候,总要弄明白它是什么,然后再学,这样才能更有逻辑的学习1.1 python是什么?python是一门语言,而这门语言是人类与计算机沟通的语言。当然类似的语言有很多,比如c,c++,php等等人和人之间沟通是说话;而人和机器沟通的python语言是.py文件;.py文件就集成了所有的原创 2021-10-21 13:49:59 · 50 阅读 · 0 评论