专题课程一:高通量虚拟筛选技术与中药/天然产物挖掘药效分子专题
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第一天上午 |
1.筛选策略基本原理及流程 |
1.运用全新筛选策略快速发现新药先导化合物 1.1全新筛选策略的基本原理 1.1.1基于药效团模型的虚拟筛选方法 1.1.2基于分子对接的虚拟筛选方法 1.1.3全新先导化合物的筛选方法 1.2全新筛选策略全新方法-用于先导化合物的快速发现 |
2.中药单体化合物数据库的构建
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2..1二维数据库的构建和转换 2.2三维数据库的生成 2.3三维数据库的加氢加电荷和能量优化 2.4三维数据库的多构象生成 2.5三维数据库的描述符计算 2.6三维数据库的类药性筛选 实例讲解与练习: (1)从中药资源数据库构建莲花清瘟胶囊的中药单体数据 (2)从中药资源数据库构建复方丹参滴丸的中药单体数据 (3)使用ChemiDraw绘制化合物结构、Chem3D进行结构优化 |
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第一天下午 |
3.蛋白质结构数据库(PDB)的使用方法 |
3.1 靶点晶体结构的数据库检索和选取 3.2 靶点蛋白的结构类型和序列分析 3.3 靶点蛋白的下载和预处理 3.4 靶点蛋白的三维结构分析 3.5 靶点蛋白的活性位点表征 实例讲解与练习: (1) 新冠病毒Mpro蛋白酶为靶点的蛋白结构获取活性位点表征 (2) 埃博拉病毒跨膜糖蛋白三聚体为靶点的蛋白结构获取和活性位点表征 |
4.蛋白质同源建模基础 |
4.1 同源建模介绍 |