Linux非root用户安装融合基因检测软件pizzly教程与cmake3.14和gcc.5.4安装

废话不多说，直接上干货。

1. 下载软件并安装

软件GitHub地址： https://github.com/pmelsted/pizzly

	git clone https://github.com/pmelsted/pizzly.git
	cd pizzly
	mkdir build
	cd build
	cmake ..
	make
	make install

2. 解决安装过程中的bug

1.cmake版本太低导致安装失败，安装高于cmake 3.0.0 的版本。
cmake下载地址：https://cmake.org/download/ 选择自己需要的版本，我以cmake-3.14.0-rc4.tar.gz为例

 tar zxvf cmake-3.14.0-rc4.tar.gz
 cd cmake-3.14.0-rc4
 ./bootstrap
 ./configure --prefix=/path/to/your/directory
 make
 make install

将安装好的/path/to/your/directory/bin目录添加到~/.bashrc中,source一下。
检查cmake版本 cmake -v，出现版本号则安装完成。
2.gcc版本太低导致安装失败，安装高于gcc 4.9的版本。
gcc下载地址：http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/ 选择自己需要的版本，我以gcc-5.4.0.tar.gz为例
安装gcc需要安装几个依赖包GMP, MPFR 和 MPC，直接运行gcc-5.4.0目录下的 ./contrib/download_prerequisites，
接下来是配置编译选项，配置之前要记住很重要的一点，安装gcc不能在它的源码目录下直接配置，需要在它的目录下新建一个文件夹，然后进入这个文件夹配置并编译安装。

tar zxvf gcc-5.4.0.tar.gz
cd gcc-5.4.0
./contrib/download_prerequisites
mkdir directory
cd directory
../configure --disable-checking --enable-languages=c,c++,fortran --disable-multilib --prefix=/path/to/install/gcc-5.4 --enable-threads=posix
make -j8 #线程数,不要邪恶，真不是故意写的
make install 

安装好之后将下面两行添加到~/.bashrc中,source一下。
检查gcc版本 gcc -v，出现版本号则安装完成。

#添加到bashrc中，请自行更换目录
export PATH=/path/to/install/gcc-5.4/bin:/path/to/install/gcc-5.4/lib64:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/install/gcc-5.4/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
#检查版本号
gcc -v
#gcc version 5.4.0 (GCC)

3.安装pizzly的cmake过程中报错

虽然安装了更高版本的gcc，但是还是使用了系统自带的gcc，将下列两行添加到~/.bashrc中,source一下。

#添加到bashrc中，请自行更换目录
CC=/path/to/install/gcc-5.4/bin/gcc
export CC
CXX=/path/to/install/gcc-5.4/bin/g++
export CXX

重新试一次，完美解决。

4.make install过程中报错
这一步是将生成的执行文件pizzly拷贝到/usr/local/bin/目录下，因为无root权限所以会出现错误，
将生成的pizzly添加到~/.bashrc中,source一下。

#添加到bashrc中，请自行更换目录
pizzly=/path/to/install/pizzly/build/pizzly
export pizzly

运行一下

3.安装完成。

有问题请留言或扫码添加微信公众号。