catmaid
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haohaibo031113
这个作者很懒,什么都没留下…
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5D Visualization and Annotation CATMAID Documentation
How to add new stack1.-Log in catmaid/admin site 2.-Select Stacks Add (plus green sign) 3.-Fill in the text as shown in the figure 4.-Press save in the bottom right corner of the screen Notes: A.-原创 2017-05-31 21:15:02 · 353 阅读 · 0 评论 -
catmaid 5d笔记4---catmaid 5d数据库表的结构
昨天测试了catmaid主分支的Tracing Neurons功能。主分支的功能上都OK。 可以5d分支就有各种bugs →_→现在总结了下:要搞这个事情的思路是 1. 首先应该把catmaid主分支跑起来 2. 测试catmaid主分支的功能,了解catmaid要做什么事情。这个参考catmaid主分支用户文档 https://catmaid.readthedocs.io/en/stable原创 2016-11-20 14:07:25 · 798 阅读 · 0 评论 -
catmaid笔记---HDF5
在catmaid中,有HDF5关于什么是HDF5 简单来说就是一种数据格式参考来源 Introduction to HDF5 and F5原创 2016-10-15 20:26:08 · 456 阅读 · 0 评论 -
catmaid主分支笔记
从catmaid官网入手 catmaid官网地址: https://catmaid.readthedocs.io/en/stable/ 看官网文档 在Documentation Developer Documentation Django Unit Tests for CATMAID 中, 运行测试./manage.py test出现下面错误 connection = Data原创 2016-10-17 11:15:33 · 558 阅读 · 0 评论 -
catmaid 5d笔记3---5d分支的文档资料
首先浏览一下catmaid 5d代码的目录:hhb@ubuntu:~/work/catmaid_5d_visualization_annotation$ ls -lthtotal 64Kdrwxrwxr-x 14 hhb hhb 4.0K Oct 20 21:52 scriptsdrwxrwxr-x 10 hhb hhb 4.0K Oct 20 21:52 djangodrwxrwxr-x原创 2016-11-19 10:30:36 · 408 阅读 · 0 评论 -
catmaid 5d笔记2---导入数据成功
之前导入数据是总是会报下面的错误 也就是PostgreSQL不能识别[]的语法格式解决办法:调试 最后跟踪到fields.py文件ArrayFieldBase的value 文件路径: catmaid_5d_visualization_annotation/django/applications/catmaid/fields.py修改内容: 在 class ArrayFieldBase(原创 2016-11-05 10:40:40 · 472 阅读 · 0 评论 -
Watershed算法
先找一些资料,然后再分析和实现 参考资料: http://cmm.ensmp.fr/~beucher/wtshed.html https://cn.mathworks.com/company/newsletters/articles/the-watershed-transform-strategies-for-image-segmentation.html原创 2017-06-01 20:19:25 · 547 阅读 · 0 评论 -
catmaid 5d在Ubuntu14.04上的安装
catmaid 5d在Ubuntu14.04上的安装1. 下载catmaid 5d代码 Installing CATMAID for data visualization and cell-lineage editing Download the latest version of the CATMAID branch for cell lineaging at https:/原创 2016-10-20 21:59:42 · 680 阅读 · 0 评论 -
catmaid 5d笔记-1
今天搭建 Ubuntu_64_catmaid_4修改文件 /home/hhb/work/catmaid_5d_visualization_annotation/django/env/lib/python2.7/site-packages/django/utils/encoding.py添加内容187 # Forwords compatibillity with Django 1.5188原创 2016-10-16 20:52:01 · 720 阅读 · 0 评论