MOE安装及使用教程高能来袭！

最新推荐文章于 2024-05-05 20:24:51 发布

hdpai2018

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文章标签：药物设计

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来源公众号：计算机辅助药物设计CADD

“MOE软件教程”

-小白必备-

MOE是针对分子模拟及计算机辅助药物设计的综合软件，系统集可视化、模拟和应用开发于一体，通过蛋白质结构与功能分析、药效团模型、小分子库设计与筛选、定量构效关系分析以及分子对接等核心模块全方位支持药物设计的软件。

本文主要介绍MOE软件的一些功能及虚拟对接的具体操作。

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功能简介

Function Introduction

(1)分子建模和模拟：MOE内部的有机化学结构表示方法和灵活的框架体系为分子建模和计算化学提供了可靠的基础。直观的分子编辑器、文件格式处理、验证力场选择、强大的建模应用程序及用户定制性都使得MOE成为工业中最具灵活性的分子建模环境。

(2)蛋白建模和生物信息学：MOE平台中经过CASP验证的蛋白质同源建模功能强大且直观易用。无论是普通蛋白还是抗体，单体或多聚体的模建都能在MOE中快速精确的完成模建。通过清晰的三维视图可以直观地看到蛋白质内部的相互作用，也可以绘制出蛋白表面的性质。同时蛋白突变模拟能为生物大分子药物设计提供全新的解决方法。

(3)基于结构的药物设计：MOE提供了基于结构的药物设计的丰富灵活的多种功能。通过对有机化合物的模拟，用户可以方便地在结合空腔内通过多种不同的方法进行分子设计。通过MOE也可以从各个不同的角度对蛋白和配体的相互作用进行可视化观察或是评价其亲和力强度。

(4)化学信息学与高通量发现：MOE内嵌的方法可以应用于大批量分子属性计算、建模和模拟。分子属性计算、定量构效关系模型建立、指纹图谱、聚类和多样性分析均可以应用于高通量的化合物筛选分析。

(5)药效团建模：MOE的药效团建模是一种强大的产生并利用3D几何信息进行新颖活性化合物搜索的方法，特别是当缺乏受体结构信息的时候。药效团方法使用一种概括化的配体代表方法和几何约束，可以避免2D方法引起的结构和化学类别偏差。

(6)数据内容与开发环境：除了图形界面应用外，MOE还提供了开发工具箱可以让用户修改已有的应用功能，或是创建生命科学领域的新的应用功能。分子模拟专家、应用程序开发者以及普通用户可以通过共享MOE这同一个软件系统而获益。由应用程序开发者编写的功能可以由分子模拟专家验证，随后发布给普通用户在图形界面或网页界面下使用。

MOE的虚拟对接操作

Virtual Docking

1、虚拟对接相关概念：

其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。

(1)刚性对接：指在对接过程中，研究体系（受体和配体）的构象不发生变化。适合考察比较大的体系，如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。

(2)半柔性对接：指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接，对接过程中，小分子的构象一般是可以变化的，但大分子是刚性的。

(3)柔性对接：指在对接过程中，研究体系的构象基本上可以自由变化的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化，所以计算耗费最大

2、MOE中虚拟对接操作

MOE界面Compute>Dock展示对接功能界面