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GROMACS
文章平均质量分 70
hdpai2018
这个作者很懒,什么都没留下…
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Gromacs操作心得
文章来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/nQ0MdLmIXHPB8VLSe7CTZQ一、进行模拟的基本步骤以下是进行分子动力学模拟的最基本步骤,来自Gromacs维基。具体的步骤可能会因为模拟目标的不同而存在差异,这里只做基本的概述。十分清楚要什么样的模拟系统性质和现象,明白模拟的目标。选择适当的工具以实现模拟目标。这需要熟知其他研究人员对相似模拟系统的模拟方法等资料,要好好读别人的论文,主要包括:模拟使用的软件,当然还要考虑使用的力场,有时因为原创 2021-09-07 11:19:24 · 2095 阅读 · 0 评论 -
值得推荐的分子动力学模拟入门书籍
来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/a7SKL2Vbqv9MHaFueAg4tQ入门阶段,首先你要知道你想做什么,最好是找个看起来不太难的文章照着把里面的模拟自己重复一遍。因为全原子模拟大都是用一些软件来进行的,因此你首先需要的是学会一些软件的使用,常用的生物分子模拟软件包括:Gromacs、Amber 和 NAMD 等等,材料有关的模拟还有 Lammps 等软件。学这些东西的时候首先主要是要知道模拟的基本流程以及实现的方法,包括怎样搭建模拟的体系、各种转载 2021-08-27 11:14:43 · 1641 阅读 · 0 评论 -
Gromacs相关基础知识
文章来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/Mx__MQHIscL1Hqz0sYXdzAGromacs的pdb2gmx命令使用gromacs做分子动力学模拟时,第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx。这个命令吧pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型,同时产生分子拓扑文件。Gromacs是典型的GPL软件,每一个命令都有很多命令参数。这对熟悉windows环境的人来说有一点烦,但是如果熟悉了Linux环境,也就慢慢喜欢啦。(建议多使原创 2021-08-19 15:11:43 · 2206 阅读 · 1 评论 -
lammps如何创建合金模型
文章来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/QBwn8UGB1sJ3YHKuVkAfkQ合金体系的创建,主要有两种方法,如下:程序创建data file文件根据合金体系的结构,按着data file的文件格式编程产生相关data file文件,由read_data命令读入即可。可以说,这是一种万能的方法,具体不多说,主要是要了解data file的格式,并且有一定的编程基础。http://lammps.sandia.gov/doc/read_da转载 2021-08-17 18:16:09 · 1107 阅读 · 0 评论 -
蛋白质分子动力学模拟
来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/drbwbTbpjgE8Y4dCmM5Eig1.系统的准备:假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件:除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水),然后增加TER标签在蛋白链间和改变一些氨基酸的名字如:HIS to HIE, HID or HIP;和CYS。tleap -s -f leaprc.ff99SB转载 2021-08-04 17:03:26 · 2212 阅读 · 1 评论 -
gromacs相关参数
文章来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/o5NhZQEeqFCBzCFvYtdY_Q用于能量优化的参数文件 immin.mdpLines starting with ‘;’ ARE COMMENTS; Everything following ‘;’ is also commenttitle = Energy Minimization ; Title of runcpp = /lib/cpp ; Preprocessor转载 2021-08-03 18:00:00 · 711 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟的主要步骤
本文来源:“分子动力学”公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/htX-p_gTb6TkdyoGuenjTw1、确定起始构型一个能量较低、结构合理的起始三维构型是进行MD模拟的第一步。生物大分子的起始构型主要来自实验数据,如X射线晶体衍射法或核磁共振波谱法测定的分子结构,或根据已知分子结构通过同源建模得到的结构等。体系中有机小分子的构型也可通过量子化学计算得到。2、选用适当力场和模拟软件选择适当的力场是进行MD模拟的基础。不同的力场具有不同的适用范围和局限性,需要根据转载 2021-07-30 16:24:01 · 6383 阅读 · 2 评论 -
分子对接简要教程(autodock)
来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/SIIKXvEIIH2Pja3Dc44arw使用autodock的小伙伴们,按照这个步骤走一遍基本就会了。而且正式做东西的话,也基本是这个步骤。Autodock的步骤如下:(以4BGY和ex4为例)在4BGY.pdb文件中将水和1分子木糖去除。(可以使用pymol,VMD,viewerlite,DS等软件,将水和木糖去掉,或者直接以文本格式打开pdb文件,删去水和木糖的部分)软件部分(1) 首先确定工作文件夹(原创 2021-07-29 16:15:49 · 2584 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟需要掌握的理论、语言和软件
来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/zvOJk-4tt7LrTKqZlUuaqA分子动力学是一个交叉学科,需要掌握很多内容,下面大致整理了一些。理论分子动力学:这个是最基础的了,不了解就没法往下走了;力场:任何计算都要用到,所以最好能够熟悉一些常见的力场模型;系综:这个东西可以说很复杂,需要学习统计力学,如果掌握对于计算过程会理解更透彻。基础环境linux:一些基本的命令是必须要学的;bash:如果能编写一些简单的bash程序,会大大提高工原创 2021-07-28 10:05:58 · 1683 阅读 · 0 评论 -
GROMACS知识问答
本文来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/lg7tuIcsvG1j53egha70yg问:我在用gromacs计算rmsf时出现了这样一个警告,我的结构也没有跑出水盒子,为什么会这样?有什么解决办法吗?答:你选的这个group刚好在盒子边界上,继续模拟,看它会不会离开边界问:意思是延长模拟时间吗?我这个体系比较大,一天只能运行1ns?是因为我这个水盒子和 pbc 显示不重合的原因吗?是因为这个 cell origin设置的问题吗?这个值我是按照教程原创 2021-07-26 15:59:51 · 684 阅读 · 0 评论 -
分子动力学简介
来源:“分子动力学”公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/b_1mzdVoyvhAaFxb3GC1mQ分子动力学分子动力学是一门结合物理,数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,以在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。分子动力学简史1957年:基于刚球势的分子动力学法(Alder and Wainwright)1964原创 2021-07-22 17:25:53 · 807 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟 心得 适合新手!!!
本文来源:“分子动力学”公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/fpiUACqfYyNq5y5ExuKiqQ看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章,不用全看完,但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。试着按照书的过程做个Ar的NVE,其实Ar和离子晶体以及其它的任何材料的差别仅仅是势函数的问题,虽然由势函数带来了一些问题,但是这些都不是本质问题。从初始化的原子数,原子位置,初始速度,时间步长,初始温度等等这些初始化结束了以后,选择一个简单的积分算法,如6阶的Gear预原创 2021-07-21 16:00:04 · 739 阅读 · 0 评论 -
关于LAMMPS能量最小化
本文来源:“分子动力学”公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/f5xk0dqJtD4DET__j4m0TwLAMMPS能量最小化有几种方法?适用于什么场合?有关LAMMPS能量最小化功能的经典文献有哪些?1、基本方法最速下降法(SD);共轭梯度法(CG);牛顿-拉森法(NR)。用的最多的就CG(conjugate gradient method);NR就是hftn类型(Hessian-free truncated Newton)。能量最小化算法quickmin和fir原创 2021-07-21 15:54:45 · 4954 阅读 · 0 评论 -
lammps 在Ubuntu 16.04LTS服务器并行安装—— ATC 扩展包的安装
本文来源:“分子动力学”公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/box3_u5LpB9GtQlevt1DDQ假装所有的依赖包都没有安装,那么在root权限下输入下面的命令:apt-get install gccapt-get install g++apt-get install mpi-default-apt-get install libfftw3apt-get install gfortran即可把这些包都安装好。解压缩 lammps源程序: tar -xvf lam原创 2021-07-21 15:53:30 · 645 阅读 · 0 评论 -
Gromacs分子动力学模拟流程概述
文章来源:“分子动力学”公众号分子动力学模拟Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同。预平衡在开始之前,先简单了解一下预平衡:分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等。打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性原创 2021-07-16 17:45:13 · 2059 阅读 · 0 评论 -
分子动力学系综小结
文章来源:“分子动力学”公众号系综(ensemble) 是指在一定的宏观条件下(约束条件),大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念;系综是统计理论的一种表述方式,系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论 ;系综并不是实际的物体,构成系综的系统才是实际物体。约束条件是由一组外加宏观参量来表示。在平衡统计力学范畴下,可以用来处理稳定系综。一、常用系综分类根据宏观约束条件,系综被分为以下几种:正则转载 2021-07-13 16:03:41 · 988 阅读 · 0 评论 -
分子动力学(MD)模拟,模拟体系构建经验总结
本文转自“分子动力学”公众号在一个完整的分子动力学模拟中,一般包括以下几个步骤:1.选择将要使用的力场,并根据模拟体系确定力场参数,构建力场文件;2.产生初始构型,搭建模拟体系;3.模拟退火(simulated annealing);4.平衡体系;5.模拟数据采样;6.数据分析、处理。产生初始构型经验总结1.产生初试构型的一般步骤是:1) 给出分子内原子坐标;2) 按照某种分布将分子安放到空间不同位置(可以按照某种晶格排列,对于液体、气体,亦可随排列);2.分子内原子位置排布不能偏离转载 2021-07-13 16:00:08 · 3038 阅读 · 0 评论 -
GROMACS 2020.3发布
该版本于2020年7月9日发布。这些发行说明记录了自先前的2020.2版本以来GROMACS中进行的更改,以解决已知问题。它还包含了2019.6版或更早版本中的所有修复程序原创 2020-07-10 15:44:12 · 503 阅读 · 0 评论 -
一篇关于comsol技术剖析的超强干货
COMSOL超强干货技术剖析–戳进来!COMSOL Multiphysics作为有限元仿真软件在两个及多个物理场耦合分析方面展现出其独到的优势,目前被广泛应用于科研和产品设计研发领域;现给大家分享一下我的学习心得。Ⅰ分会场主题 COMSOL Multiphysics 基础培训培训目标 主要讲解comsol的应用领域及基础操作技巧通过结合理论讲解和案例分析,帮助学员深入了解如何通过 COMSO...原创 2019-12-17 10:52:03 · 11573 阅读 · 0 评论 -
生成GROMACS拓扑文件的各种工具
更多好的文章请关注微信公众号:互动派教育公司网站:http://www.hdpaii.com/h-col-105.html转载 2018-11-21 14:23:30 · 1638 阅读 · 0 评论