聚类分析之系统聚类的R实现

1.系统聚类简介
系统聚类法是一种常用的聚类方法，假设有n个样品，每个样品有p个变量，系统聚类的基本步骤为：先将每个个体（样品或变量）各自看成一类，总共有r类（如果时Q型聚类，则r=n;如果时R型聚类，则r=p),根据个体间的相似程度（距离、相关系数等）将r类个体中最相似的一类合并称一类，得到r-1类，再在这r-1类中找出最相似的两类合并，得到r-2类，依次进行下去。
对于Q性聚类情形，设Gs与Gt为两个类，用dij表示Gs中第i个样品与Gt中第j个样品的距离，常用的度量Gs与Gt的距离Dst的方法有以下几种。
（1）最小距离法：Gs和Gt之间的距离Dst定义为两类最近样品之间的距离，即：

(2)最大距离法：Gs和Gt之间的距离Dst定义为两类最远样品之间的距离，即：

(3)中间距离法：Gs与Gt之间的距离取两者之间的距离，这是最大距离与最小距离的一种折中，其递推公式为：

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