VASP+phonopy计算声子群速与数据导出

本文介绍了如何在材料计算中使用VASP和PHONOPY来计算声子谱,特别是关注声子群速的计算。通过设置GROUP_VELOCITY和GV_DELTA_Q参数,可以在石墨烯的案例中获取声子谱、声子态密度及群速度数据。利用vaspkit工具处理结果并导出相关数据,为材料动力学稳定性的评估提供了详细步骤。

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经验分享

在材料计算中声子谱是一种常用手段来评估材料的动力学稳定性,声子谱的计算大多采用vasp+phonopy的计算方式。通常在声子计算中声子群速等也具有一定的分析意义,笔者在翻阅一些相关内容的经验贴上并结合phonopy manual内容总结了一下有关声子群速的计算,并借助vaspkit 导出有关声速的数据。

    在phonopy manual中有详细介绍该软件相关Group Velocity的计算方法,和计算有关的计算方式

q点处的群速度用这个标签计算。群速度被写入一个yaml文件,该文件对应于笛卡尔坐标下的运行模式。物理单位取决于输入文件的物理单位和频率转换因子,但如果只是使用VASP和默认设置(例如,THz表示声子频率),那么物理单位将是Angstrom THz。

GROUP_VELOCITY = .TRUE.GV_DELTA_Q = 0.01 

    GV_DELTA_Q给出了有限差分法的倒数距离。缺省值是1e-4。

而且具体使用过程中,关于执行命令还有执行文件的tag内容还有一些可替换的关系,--gv, --group_velocity 可在执行计算命令时替代执行文件中的GROUP_VELOCITY = .TRUE.内容, --gv_delta_q 可在执行计算命令时替代执行文件中的(GV_DELTA_Q)内容

    这里以石墨烯为计算案例,准备原胞的POSCAR文件如下

New structure                              1.00000000000000          2.4684502475083727    0.0000000000000998    0.0000000000000000    -1.2342251238042716    2.1377406223148996    0.0000000000000000     0.0000000000000000    0.0000000000000000    9.9316514831268048   C      2Direct  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.3333333429999996  0.6666666269999979  0.5000000000000000

扩包4X4X1后进行声子谱计算,然后可以得到声子谱与声子态密度,扩包后的模型结构以及声子谱声子态密度如下图

在计算声子谱过程中使用的声子能带路径文件为vaspkit提供的路径模版并加以改动

NPOINTS = 501DIM =  4 4 1BAND = 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000BAND_LABELS = $\Gamma$ M K $\Gamma$
MP = 21 21 21TETRAHEDRON = .TRUE.#PDOS = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16BAND_CONNECTION = .TRUE.FORCE_CONSTANTS = READ
# FORCE_SETS = READ# IRREPS = 0  0  0# SHOW_IRREPS = .TRUE.# LITTLE_COGROUP = .TRUE.

按照phonopy manual的说明我们可以在这个文件内最后加入GROUP_VELOCITY = .TRUE.和GV_DELTA_Q = 0.01 ,或者在执行命令的命令后面最添加--gv 和--gv_delta_q="0.01"(可省略) 然后重新执行对声子谱的计算。然后我们可以在phonopy.yaml文件中看到phonopy在计算声子谱的过程中考虑到了群速度

    同时在计算声子谱中phonopy所储存的数据文件mesh.yaml和band.yaml文件中也保存了有关群速度的相关信息。

    然后我们使用vaspkit的Sort Phonon Band Structure for Phononpy功能处理计算的结果并导出group velocity数据,

在运行过程中我们可以看到软件说明 find group velocity 并写入输出文件中。

愿有所成

引喻失义   妄自菲薄

石墨烯是由碳原子构成的二维晶体结构,具有许多特殊的物理和化学特性。子谱是描述晶体中子(晶格振动)的能量和动量分布的函数,可以通过实验或理论计算获得。 Python是一种流行的编程语言,可以用于科学计算数据分析。在石墨烯子谱的研究中,Python可以用来进行谱线计算数据可视化和模拟等工作。 首先,我们可以利用Python中的科学计算库,如NumPy和SciPy,来进行子谱的计算。通过定义石墨烯的结构和力常数矩阵,可以使用NumPy进行矩阵运算和特征值求解,得到石墨烯的力常数矩阵特征值和特征向量,进而得到子谱的能量和动量分布。 其次,Python中的数据可视化库,如Matplotlib和Plotly,可以用来将计算得到的子谱数据可视化,例如绘制能量-动量分布图或子态密度图,以便更直观地呈现石墨烯的子谱特性。 此外,Python还可以用于模拟和优化石墨烯子谱。通过使用Python中的模拟工具,如分子动力学模拟或基于密度泛函理论的第一性原理计算软件,可以模拟石墨烯的振动行为,并进一步研究子谱在不同温度、压力或变形条件下的变化,从而揭示石墨烯的子谱特性其它性质之间的关联。 总之,Python在石墨烯子谱的研究中起着重要的作用。它可以用于计算谱线、数据可视化和模拟分析等方面,为深入理解石墨烯的子谱特性提供了有力的工具和方法。
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