schordinger动力学MD过程记录（非跨膜蛋白不加膜）

1.拥有一个【对接完成的】的蛋白+配体并选中

2.System Builder

设置好就可以RUN了

3.run，并得到system builder的输出结果

4.选中带有system builder的输出结果文件，进行Molecular Dynamics

5.完成MD，分析结果：Simulation interactions Diagram

load文件，选择MD输出的out.cms或者eaf文件都可以，如果上一步勾选了跑完分析，会有eaf，直接加载数据即可。