amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图

1.amber输出文件：(格式不唯一)

拓扑文件parm: compw.prmtop
轨迹文件：prod.mdcrd

2.打开vmd输出最后一帧，保存为PDB格式

vmd

2.1加载拓扑文件

**

点击file-New Molecule

**

‘’
将Determine file type 改为正确类型
首先加载拓扑文件，点击Browse
‘’

‘’
选择输出的拓扑文件
‘’

‘’
点击Load
‘’

2.2 加载轨迹文件

‘’
上一步点击Load后界面如图，不要退出
选择正确的Determine file type：NetCDF(AMBER,MMTK)
‘’


‘’
再点击Load即可
‘’

2.3输出最后一帧并保存为pdb格式

‘’
完成上两步后
‘’

‘’
File-Save Coordinates
‘’

‘’
最后再按照提示选择保存的路径即可
‘’

3.MD轨迹分析

3.1新建脚本文件，文件名.后缀：mdana.cpptraj

3.2写入脚本文件

文件内容：

parm compw.prmtop

trajin prod.mdcrd

rmsd all first :1-24&!@H= out rmsd-all.agr mass

解释：第一行为加载拓扑文件， parm不可修改，要修改后面的文件名
第二行加载轨迹文件 ，trajin不可修改，需要修改后面的文件名
第三行冒号前：使用第一帧为基准
第三行冒号后：计算1-24号残基，并且不计算H的部分，输出文件为rmsd-all.agr

3.3 执行脚本

记得要安装amber，module load amber

cpptraj -i process1.cpptraj

3.4打开输出文件

下图为输出的数据，可根据输出数据用自己的工具绘制轨迹图

例如python绘图

坐标自行修改即可