ipcas_oasis的博客

原创 Cryosparc： Local Motion Correction注意输出颗粒尺寸

如果是super resolution mode，需要注意，在Extraction box size这里需要输入两倍的pixel。

原创 Cryosparc里头restack的妙用

在Cryosparc里头经常需要迁移job或者将particle打包成relion可以识别的模式，总是会遇到一个问题，我们需要的颗粒明明很少，但总是保存出一大堆东西来。原因就是，他会把最开初的particle都给你算进来，而不是某个作业对应的particle。把需要输出的particle交给他，restack一下，那么得到的就是干干净净的，这样particle对应的MRC文件。

原创 c语言数据类型不对导致的计算错误

c语言数据类型不对导致的计算错误

原创 将博客搬至CSDN

将博客搬至CSDN

原创 IPCAS1.2.11使用教程-SAD

原创 IPCAS1.2.11安装步骤

IPCAS-1.2.11使用教程1.下载IPCAS-1.2.11Linux 版本：http://cryst.iphy.ac.cn/Download/IPCAS/Ipcas_source_linux_1.2.11.tar.gzMac 版本：http://cryst.iphy.ac.cn/Download/IPCAS/Ipcas_source_mac_1.2.1

原创 IPCAS 1.2.11 测试版发布通知

2018-01-05：IPCAS 1.2.11 测试版发布新增功能：相位合并以及模型合并功能。修复bug：安装过程加入手动和自动两种模式。下载链接：Linux version:http://cryst.iphy.ac.cn/Download/IPCAS/Ipcas_source_linux_1.2.11.tar.gzMac version:http://cryst.ip

原创 IPCAS中文博客（2018-01-05）

这是IPCAS的中文博客，IPCAS 的开发者们将在这里跟国内的用户分享IPCAS的最新研究进展。博客的主要功能：提供最新的IPCAS下载链接。提供IPCAS的最新指导文档。提供问题的快速回复。另外，如果大家关于IPCAS还有什么疑问，可以给我们的开发者发邮件咨询：ipcas_oasis@163.com当然也可以加入IPCAS的微信群。

原创 awk 使用小记录4

grep -E '"X"|"Y"' PositionList.pos | awk 'begin{i=0;j=0}{i++;split($3,arr,",");if(i%2!=0){j++;if(j>1){printf ("\n%d %.3f ",j,arr[1])}else{printf ("%d %.3f ",j,arr[1])}}else{printf ("%.3f ",

原创 awk 使用小记录3

把一个文件(last_1)里头记录的文件名所对应的文件全部移动到指定文件夹(last_1)中cat last_1.list | awk '{cmd="mv " $1 " last_1";system(cmd)}'之前这样试过cat last_1.list | awk '{cmd="mv   $1 last_1";system(cmd)}'完全不行的，$1一直是$1不知道是否还有其他方法，有的话，请...

原创 awk使用小记录2

ls | awk 'BEGIN{i=1}{i++;cmd="DOT1_0"i"_gaincorr_2x_SumCorr_lp.mrc";if(i<=188 && i>=166 || i<=353 && i>=315 || i<=518 && i>=479 ||i<=681 &a

原创 awk 使用小记录

ls 20160907_*_RawImages.mrc | awk 'BEGIN{print "start";i=0} {i++;cmd="clip average "$1 " ave_" i ".mrc" ; system(cmd)} END{cmd="clip average ave*mrc all_ave.mrc"; system(cmd);print "End"}'我是希望将一堆m

原创 【转载】pyQt 写的小窗口 获取文本框内容

import sysfrom PyQt4 import QtGui,QtCoreclass MainWindow(QtGui.QWidget):    def __init__(self,parent=None):                QtGui.QWidget.__init__(self,parent)        self.setWindowTitle('酒店管理')       ...

原创 【转载】网络文件夹目前是以其他用户名和密码进行映射的。

当映射网络驱动器到文件服务器时，发现有些文件夹可以被映射，有些文件夹却不能被映射。 在输入了用户名和密码后弹出以下错误信息：“指定的网络文件夹目前是以其他用户名和密码进行映射的。要用其他用户名和密码进行连接，首先请断开所有现有的连接到网络共享的映射。”如下图： 点击“确认”后，看到以下提示： 原因 被映射的网络共享文件夹所在的机器给不同的共享文件夹设置了不同的用户访问权限，而目前连...

原创 【转载】c语言 enum语法学习

C语言详解 - 枚举类型 注：以下全部代码的执行环境为VC++ 6.0 在程序中，可能需要为某些整数定义一个别名，我们可以利用预处理指令#define来完成这项工作，您的代码可能是： #define MON 1 #define TUE 2 #define WED 3 #define THU 4 #define FRI 5 #define SAT 6 #define SUN 7 ...

原创 设置su和sudo为不需要密码（转载）

http://www.cnblogs.com/itech/archive/2009/08/07/1541017.html一 设置sudo为不需要密码有时候我们只需要执行一条root权限的命令也要su到root，是不是有些不方便？这时可以用sudo代替。默认新建的用户不在sudo组，需要编辑/etc/sudoers文件将用户加入，该文件只能使用visudo命令，1) 首先需要切换到root, su ...

原创 linux查看和修改MTU

MTU是Maximum Transmission Unit的缩写。意思是网络上传送的最大数据包。1.  查看方法和设置方法各有两种，分别是ifconfig和文件ifconfig：查看：ifconfig eth0 | grep MTU就可以找到MTU的信息，如UP BROADCAST RUNNING MULTICAST  MTU:9000  Metric:1文件：查看：cat /sys/class/...

原创 Linux下find一次查找多个指定类型文件（转载）

http://blog.sina.com.cn/s/blog_62e7fe670101dg9d.htmlfind . -name '#.c' -exec basename {} \; （只显示其文件名，而不显示路径名。）Linux下find一次查找多个指定文件或者排除某类文件，在 GREP 中匹配多个关键字的方法（1）Linux下find一次查找多个指定文件:查找a.html和b.htmlfind...

原创 只有360浏览器能上网

不知道中了什么病毒，显示自动修改我的dns，然后进行LSP劫持。奶奶的，害得我弄来好久，最后，利用360里头的LSP修复，修复了一下，就可以了。

原创 路由当交换机的一个问题

用路由当交换机用，其实很简单，就是将主线和其他分线一样，插在lan端口。基本上就ok了。不过，务必注意一个问题，如果当前路由器之前输入的静态ip段，就是你其他电脑想使用的ip段，就会出现ip网段冲突，无法实现路由当交换机的功能。怎么办，先别把主线拔掉，用一台电脑连上路由器，然后在wan口设置里头选择静态ip，然后输入一个ip，确保这个ip和你其他电脑使用的ip不在一个网段，比如，你其他电脑要用19...

原创 平面图形的几何变换(转载)

【实验目的】了解几何变换的基本概念。了解平移、伸缩、对称、旋转等变换。学习掌握MATLAB软件有关的命令。【实验内容】将函数的图形向右平移3个单位。【实验准备】1．几何变换程的基本概念在平面直角坐标系下，点A由坐标表示，如果存在两个函数 将点映射成点，则称函数确定了一个平面上的几何变换。如果能从上面的方程组中反解出： 则称函数确定了的逆变换。2．几种常见的几何变换常见的...

原创 数组的合并（原创）

要把多个一维数组合并，方法是很简单的如：有数组a=[1 2 3]b=[4 5 6]（1）如果要把它们合并为一个1*6数组，可以c=[a,b]；得到c =1     2     3     4     5     6（2）要得到一个6*1数组>> c=[a,b]‘或者c=[a';b']c =     1     2     3     4     5     6要得到2*3数组，可以c...

原创 PCA相关网页（深入浅出）

http://www.cnblogs.com/jerrylead/archive/2011/04/18/2020209.htmlhttp://pinkyjie.com/2011/02/24/covariance-pca/http://blog.jqian.net/post/pca.html

原创 xmipp3.0在利用openmpi进行作业提交时遇到的问题

硬件：共有节点7，每个节点12核。要运行程序：cl2d。很奇怪，xmipp3.0进行作业提交的时候，只有一个选项：Number of MPI processes如果你把它理解成节点数目（Number of MPI processes=7），那么在它的脚本cl2d_run_001.py中会有这么一行：NumberOfMpi = 7.这样的话，不管前面：cl2d_run_001.job里头怎么写，如#...

原创 eman2 参数详解:e2evalimage (请各位补充)

1: defocus (http://en.wikipedia.org/wiki/Defocus_aberration)In optics, defocus is the aberration in which an image is simply out of focus. This aberration is familiar to anyone who has used a camera,...

原创 eman2 参数详解:Raw Data(请各位补充)

Raw Data《1》-Evaluate & Import Micrographs1 image 原始的图像，可以是dm3，mrc登格式2.apix：float，A/pixel for S scaling。也有说是pixel size，=（图片尺寸/像素点）。简单说就是当前图片的最高分辨率。3.voltage: float，Microscope voltage in KV。拍照电压。4.c...

原创 The image file of 2-Dimensional protein crystal

 crystal imageFFT map of the original image

原创 简析条形图（bar plot）上的误差线(转载)

http://office.microsoft.com/zh-CN/products/excel/rz001190626.aspx?lc=zh-cn&section=10误差线指示每个数据点的不确定性范围。由于样品不纯、天平和其他设备的精度有限，当然还有实验人员自身的限制，实验中常常会出现误差。要在图表中准确地表述数据，应该在每个数据点上添加误差线。误差值是根据这些已知因素计算出来的，应该...

原创 [转载]透镜衍射花样的标定

原文地址：透镜衍射花样的标定作者：谭老 我这里就谈一下简单衍射花样的标定，所谓简单，就是各个晶系里面的单晶衍射花样，没有缺陷，没有超结构，没有厚样品造成的高阶劳埃带，只是物质的纯相造成的衍射花样。有了这个基础，理解了一些，往下才能做的扎实。1. 一般的物质衍射花样都是已知的物质，顶多也就是已知的几种里面的一个。所以在确定哪几个物种之后，去找一下相关物质的PDF卡片，网上有一个软件PCPDF...

原创 Karhunen-Loeve Transform (KLT) 原理及PCA应用（转载）

http://blog.csdn.net/abcjennifer/article/details/8074583Karhunen-Loeve Transform（KLT）是一种数据变换与分析方式，常用于数据压缩和PCA降维。1. KLT是什么变换，KLT的目的是什么？KLT是对向量x做的一个正交变换y=Φx，目的是变换到y后去除数据相关性。PS：其中，Φ是x特征向量组成的矩阵，满足ΦTΦ=I，当x...

原创 valueable webpage for NAMD&VMD workshop

Situs: http://situs.biomachina.org/fint.htmlSitus is an award-winning program package for the modeling of atomic resolution structures into low-resolution density maps e.g. from electron microscopy, t...

原创 Read-only file system

有可能是NFS出了问题解决方法：service nfs stopumount  -l /xxxmount /xxx /xxxservice nfs restart也有可能是NIS出了问题解决方法二：service NIS restart

原创 umount.nfs device is busy

umount -l xxx

原创 Warning: file_put_contents(/data/html/cbiweb/data/cache_template/phpcms_header.tpl.php): failed to o...

Warning: file_put_contents(/data/html/cbiweb/data/cache_template/phpcms_header.tpl.php): failed to open stream: Permission denied in /data/html/cbiweb/include/template.func.php on line 10解决方法：dos2unix...

原创 windows7 挂载linux samba磁盘

1. 修改群组（修改为linux下samba设定的群） 2.映射网盘 然后输入密码，就OK了！

原创 Contrast transfer function (CTF) correction (zz)

Contrast transfer function (CTF) correction  What is the contrast transfer function?The image formation in bright field electron microscopy can be described by the action of the contrast transfer fu...

原创 (转载)生物光学成像处理分析软件 MBF ImageJ 使用指南

http://blog.sina.com.cn/s/blog_55790e0e01016sxh.html简介:ImageJ是一款基于java的公共的图像处理软件,由NIH免费发布.能够以简单的图形界面操作,也自带有插件(Plugins)和宏进行编程.由于其免费且易于操作,ImageJ成为科学研究领域应用非常广泛的图像处理分析工具,且众多的插件可以免费下载也使其几乎涵盖了所有的图像分析处理方法.本文...

原创 mysql can not connect

SELinux is preventing /usr/sbin/httpd from name_connect access on the tcp_socket 原因，安全级别太高了，解决方法setsebool -P httpd_can_network_connect_db 1setsebool -P httpd_can_network_connect 1还不行的话grep httpd /var/...

原创 relion无法提交任务的解决方法

1. mpiexec: error while loading shared libraries: libtorque.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory解决方法：（bash）在～/.bashrc下将 LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH添加进去ex...

原创 svn

路由设置http://zhidao.baidu.com/question/329129090.html基本设置http://songxj.blog.51cto.com/620981/396113