IPCAS1.2.11安装步骤

IPCAS-1.2.11使用教程

1.下载IPCAS-1.2.11

Linux 版本：

http://cryst.iphy.ac.cn/Download/IPCAS/Ipcas_source_linux_1.2.11.tar.gz

Mac 版本：

http://cryst.iphy.ac.cn/Download/IPCAS/Ipcas_source_mac_1.2.11.tar.gz

 

2.解压缩

3.来到ipcas目录下

cd Ipcas_source_linux_1.2.11

或

cd Ipcas_source_mac_1.2.11

4.运行安装程序

Linux:

./ ipcas_install_linux.tcsh

Mac:

./ipcas_install_mac.tcsh

下面以linux系统为例介绍安装过程

/work2/share/IPCAS_CENTOS6.5/Ipcas_source_linux_1.2.11

(当前工作路径)

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User: dingwei. Software: IPCAS1.2

（使用者和IPCAS版本）

Please make sure CCP4,SHELX,ARP/wARP,PHENIX have benn installed in this computer and can be read by dingwei.

（由于IPCAS需要有CCP4,SHELX,ARP/wARP,PHENIX支持，所以在安装IPCAS之前要确保这些软件已经安装了）

And please add the path of setup envfile of CCP4,SHELX,ARP/wARP,PHENIX to /home/dingwei/.cshrc or /home/dingwei/.bashrc

（良好的习惯，是将这些软件的配置文件也写入到～/.bashrc或～/.cshrc里面。）

 

If <sudo> is used for software installation, please add the path of setup envfile of CCP4,SHELX,ARP/wARP,PHENIX to /root/.cshrc or /root/.bashrc 

（如果你是用sudo来安装上述软件，那么事实上你是在用root的环境变量，所以要将这些软件的配置文件写入到/root/.cshrc or /root/.bashrc里头。）

Please make sure you have WRITE previlige in /work2/share/IPCAS_CENTOS6.5/Ipcas_source_linux_1.2.11 and all of the envfile in /work2/share/IPCAS_CENTOS6.5/Ipcas_source_linux_1.2.11  not belong to root!

（最后需要确保你在当前路径下有写的权限，而且，这里面的envfile不要属于root。一般情况下，这些条件都能满足，只是个别情况需要用户注意。）

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Install start! The old version will be remove!

Continue Install? (Y/N)

（下面开始安装，选择Y新版本将会覆盖旧版本）

Continue install and remove the old version

Please choose the install mode: A:(Automatically) S:(Semi-automatically)

（输入A将会自动安装，不过很有可能报错，输入S是半自动安装）

（如果输入A：程序会依次检测gfortran，CCP4I，ARP/wARP，phenix的安装情况。如果一切正常，将会把软件安装到CCP4I中。安装最后，程序会有如下提示:)

INSTALL FINISH!

oasis_envfile: /work1/software/research/CRYST/ccp4-7.0/share/ccp4i/ipcas/oasis_env , please check this file before ipcas running

(如果oasis_env内容如下：

#CCP4_SETUP

source /work1/software/research/CRYST/ccp4-7.0/bin/ccp4.setup-csh

setenv oasisbin /work1/software/research/CRYST/ccp4-7.0/share/ccp4i/ipcas

setenv DYLD_LIBRARY_PATH /work1/software/research/CRYST/ccp4-7.0/lib

#ARP_SETUP

source /work1/software/research/CRYST/arp_warp_7.6/bin/bin-x86_64-Linux/../../arpwarp_setup.csh

#PHENIX_SETUP

source /work1/software/research/CRYST/phenix-1.12/phenix-1.12-2829/phenix_env.csh

setenv SOLVEDIR /work1/software/research/CRYST/phenix-1.12/phenix-1.12-2829/modules/solve_resolve/ext_ref_files

说明安装成功，否则，请检查log文件。)

如果选择S，半自动安装模式，那么程序将在用户的帮助下完成安装，一般首次安装推荐选择该模式。

S

Use Semi-automatical mode for further installation

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Using built-in specs.

COLLECT_GCC=gfortran

COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/lto-wrapper

Target: x86_64-linux-gnu

Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.4' --with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-5/README.Bugs --enable-languages=c,ada,c++,java,go,d,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --program-suffix=-5 --enable-shared --enable-linker-build-id --libexecdir=/usr/lib --without-included-gettext --enable-threads=posix --libdir=/usr/lib --enable-nls --with-sysroot=/ --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-libstdcxx-time=yes --with-default-libstdcxx-abi=new --enable-gnu-unique-object --disable-vtable-verify --enable-libmpx --enable-plugin --with-system-zlib --disable-browser-plugin --enable-java-awt=gtk --enable-gtk-cairo --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-5-amd64/jre --enable-java-home --with-jvm-root-dir=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-5-amd64 --with-jvm-jar-dir=/usr/lib/jvm-exports/java-1.5.0-gcj-5-amd64 --with-arch-directory=amd64 --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --enable-objc-gc --enable-multiarch --disable-werror --with-arch-32=i686 --with-abi=m64 --with-multilib-list=m32,m64,mx32 --enable-multilib --with-tune=generic --enable-checking=release --build=x86_64-linux-gnu --host=x86_64-linux-gnu --target=x86_64-linux-gnu

Thread model: posix

gcc version 5.4.0 20160609 (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.4) 

(检测编译器gcc是否已经安装)

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CHECK CCP4 INSTALL START!

Found ccp4.setup-csh envfile: /work1/software/research/CRYST/ccp4-7.0/bin/ccp4.setup-csh

Use this setup file? (Y/N)

（检测ccp4的配置文件，如果认为检测到的准确无误，输入Y，否则输入N）。

N（输入N）

Please input the objective path of ccp4.setup-csh

e.g.:/softwares/ccp4-7.0/bin/ccp4.setup-csh

（要求用户手动输入ccp4的配置文件。）

/work1/software/research/CRYST/ccp4-7.0/bin/ccp4.setup-csh

CHECK CCP4 INSTALL FINISHED!（如果用户输入正确，该步骤完成。）

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CHECK ARP INSTALL START!

Found arpwarp.source-csh envfile: /work1/software/research/CRYST/arp_warp_7.6/bin/bin-x86_64-Linux/../../arpwarp_setup.csh

Use this setup file? (Y/N)

（检测ARP/wARP的配置文件，如果认为检测到的准确无误，输入Y，否则输入N）。

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CHECK PHENIX INSTALL START!

Found phenix_env.csh: /work1/software/research/CRYST/phenix-1.12/phenix-1.12-2829/phenix_env.csh

Use this setup file? (Y/N)

（检测PHENIX的配置文件，如果认为检测到的准确无误，输入Y，否则输入N

如果都存在，那它将自动完成后续安装步骤。）