chainsaw - Mutate a pdb file according to an input sequence alignment
顾名思义,chainsaw的主用作用所根据输入的aligment对pdb文件进行修改。所以,我们首先需要获得相应的aligment。
以我做的工作(分子置换法)为例:
一:利用目标晶体的seq文件,进行搜索,获取可能模型。
http://ffas.sanfordburnham.org/ffas-cgi/cgi/ffas.pl
二:通过pdb库,获取可能模型的seq
http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2NW7
三:将模型的seq和目标晶体的seq进行aligment(the target seq should be input first then the model seq)
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
并在
Result Summary
中,输出Alignments in CLUSTALW format文件,并将后缀重新命名为 aln格式文件。
四:在chainsaw中,对输入的pdb进行修改
顾名思义,chainsaw的主用作用所根据输入的aligment对pdb文件进行修改。所以,我们首先需要获得相应的aligment。
以我做的工作(分子置换法)为例:
一:利用目标晶体的seq文件,进行搜索,获取可能模型。
http://ffas.sanfordburnham.org/ffas-cgi/cgi/ffas.pl
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二:通过pdb库,获取可能模型的seq
http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2NW7
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三:将模型的seq和目标晶体的seq进行aligment(the target seq should be input first then the model seq)
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
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四:在chainsaw中,对输入的pdb进行修改
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