chainsaw的使用

chainsaw - Mutate a pdb file according to an input sequence alignment
顾名思义，chainsaw的主用作用所根据输入的aligment对pdb文件进行修改。所以，我们首先需要获得相应的aligment。
以我做的工作（分子置换法）为例：
一：利用目标晶体的seq文件，进行搜索，获取可能模型。
http://ffas.sanfordburnham.org/ffas-cgi/cgi/ffas.pl

 

 
二：通过pdb库，获取可能模型的seq
http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2NW7

三：将模型的seq和目标晶体的seq进行aligment(the target seq should be input first then the model seq)
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

 并在 Result Summary 中，输出Alignments in CLUSTALW format文件，并将后缀重新命名为 aln格式文件。
四：在chainsaw中，对输入的pdb进行修改