gromacs的基本使用

一：利用pdb文件产生gromacs能识别的文件。
pdb2gmx -f 2NW7.pdb  -o conf.gro -p topol.top -i posre.itp -n clean.ndx -q clean.pdb -water tip3p
二：决定进行模拟的空间大小（建议不使用该命令）
editconf -f conf.gro  -o editconf.gro -box 10nm
三：产生可以用pymol查看的文件
editconf -f editconf.gro -o pymol.pdb
四：进行能量最小化
先编写em.mdp
integrator= steep
nsteps= 200
nstlist= 10
rlist= 1.0
coulombtype= pme
rcoulomb = 1.0
vdw-type = cut-off
rvdw = 1.0
nstenergy = 10
然后
grompp -f em.mdp -po mdout.mdp -c conf.gro -p topol.top  -o topol.tpr
mdrun -s topol.tpr  -o traj.trr -x traj.xtc -c confout.gro -e ener.edr -g md.log
得到结果
Potential Energy  = -1.8466966e+05
Maximum force     =  8.7827275e+03 on atom 7711
Norm of force     =  1.4047519e+02
五：判断结构的合理性（RMSD）
 g_rms -s topol.tpr  -f traj.trr -o rmsd.xvg
xmgrace rmsd.xvg
六：比较结构扰动与结构因子的关系。
g_rmsf -f traj.trr -s topol.tpr -o rmsf.xvg
xmgrace rmsf.xvg
七：查看二级结构
do_dssp  -f traj.trr -s topol.tpr -o ss.xpm -sc scount.xvg
xpm2ps -f       root.xpm-o       plot.eps
八：Distance and hydrogen bonds
make_ndx -f conf.gro -o index.ndx