lcs最大公共子序列问题

读算法导论
第四部分第15章，提到DNA解析的时候的最大公共子序列问题。按书上描述用js实现代码如下

var str1 = 'accggtcgagtgcgcggaagccggccgaa';
var str2 = 'gtcgttcggaatgccgttgctctgtaaa';
var rl = new Array();
function LCS(str1,str2){
var m = str1.length ;
var n = str2.length ;
//模拟二维数组
//var rl = new Array();
for(var i=0;i<=m;i++){
rl[i] = new Array();
for(var j=0;j<=n;j++){
rl[i][j] = -1 ; //初始化
}
}

for(i=0;i<=m;i++){
rl[i][0] = 0 ;
}
for(j=0;j<=n;j++){
rl[0][j] = 0 ;
}
//初始化
for(i=1;i<=m;i++){
for(j=1;j<=n;j++){
if(str1.charAt(i-1)==str2.charAt(j-1)){
rl[i][j] =rl[i-1][j-1] + 1 ;
}else{
rl[i][j] = Math.max(rl[i-1][j],rl[i][j-1]);
}
}
}
//return rl[m][n];
}
LCS(str1,str2); //执行求出 最大公共子序列的长度。


function printLCS(str1,str2){
var m = str1.length ;
var n = str2.length;
if(m*n==0){
return '';
}
if(str1.charAt(m-1)==str2.charAt(n-1)){
return printLCS(str1.substring(0,m-1),str2.substring(0,n-1)) +str1.charAt(m-1) ;

}else {
if(rl[m-1][n]>rl[m][n-1]){
return printLCS(str1.substring(0,m-1),str2);
}else {
return printLCS(str1,str2.substring(0,n-1));
}
}

} //递归求出lsc

printLCS(str1,str2); //求出最大公共子序列