生物信息流程
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java31
这个作者很懒,什么都没留下…
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braker踩坑记录
1、startAlign.pl的时间与genome.fasta的contig的数量相关,genome.fasta大小为1G,24个cpu的情况下,如果是2000个contigs大约3个小时,后面gmes_petap.pl的时间大约也是3小时。相同的基因组大小,如果contigs为10000个,时间大约是40个小时。如果可能,建议过滤掉太短的contig。seq_tool.py len-fi...原创 2020-03-29 23:06:16 · 2093 阅读 · 0 评论 -
pasa_example
#陈老师的样例数据ln -s /opt/00.incipient_data/data_for_genome_assembling/assemblies_of_Malassezia_sympodialis/Malassezia_sympodialis.genome_V01.fasta genome.fasta# 将 RNA-Seq de novo 组装序列和 genome-guided 组...原创 2020-03-21 07:58:15 · 355 阅读 · 0 评论 -
evm_sample
evidence_modeler.pl --genome genome.fasta \ --weights ./weights.txt \ --gene_predictions gene_predictions.gff3 \ --protein_alignme...原创 2020-03-21 07:51:42 · 255 阅读 · 0 评论 -
运行braker
#1.输入数据# genome:# genome.fasta## rnaseq data:# brevis.rna.1.fastq.gz# brevis.rna.2.fastq.gz## homolog.fasta#2.bam文件准备hisat2-build -p 20 genome.fasta brevishisat2 -p ...原创 2020-03-21 07:19:13 · 624 阅读 · 0 评论