科研文献管理 Zotero +科研笔记 Obsidian

前言

此前，一直使用 国产 NoteExpress 文献管理软件 + Word 写作 + OneNote 笔记。 NoteExpress 对中文支持好，本地文件存储可以以和NoteExpress题录中的目录树一样的形式存在。这种方式很方便直接查找本地文件，也适合将这些文件放在云盘 OneDrive，然后 ipad 直接阅读 PDF， 做笔记，然后直接同步到电脑端。
然而，针对主要是阅读英文文献，NoteExpress 在更新题录上经常失败。 其次。它也不能链接到Google scholar。即使身在外网，也不能保证一定能成功根据PDF文件更新题录。手动从Google scholar插入题录 然后插入PDF 的过程 费时费力。 最后，其检索速度太慢，如果检索到笔记的内容，我没有找到直接跳转到题录的方法（可能我的问题）。
此外， OneNote 没有 Obsidian 的 graph view， 其也没有 Obsidian 的 tag 等功能。

针对上述不便，遂尝试 使用 Zotero + Obsidian 。

软件安装

自行 百度 / Google 安装方式
链接： Zotero + Obsidian

Zotero插件

官方插件列表

我使用的插件

强烈推荐的插件已在下图 框出来。其功能及怎么安装在这里。

ZoteroQuickLook

这个插件配合 windows 的 QuickLook，可以从 Microsoft Store 下载， 注意其作者是 Paddy Xu.

ZotFile

这个根据官方说明文档 进行个性化设置 自动命名规则： ZotFile

Better BibTex for Zotero

用于生成 latex 写作的参考文献所需的 bibtex 内容， 下载链接。

配置

默认导出的 bibtex 中含有 abstract， 这个太占地方，显得很乱，按照下图取消。在 “Fields to omit…” 中填入， 主要是 ‘abstract’， ‘langid’， 其他根据需要修改。

issn,shorttitle,url,doi,abstract,urldate,month,note,file,language,annotation,langid

Mdnote for Zotero

这个是把 Zotero 和 Obsidian 连起来的， 从 Zotero 导出 题录信息给 Obsidian，具体还待探究。下载链接

配置

首先安装 Obsidian 并设置一个目录，为了方便我把所有Obsidian 数据放在 OneDrive 云盘中的 Obsidian文件夹，并在其下设置一个子目录 Zotero 给 Zotero 导出的信息。

在 Zotero 中的 Tools -> Mdnotes Preference 中设置 导出 目录及其 模板

命名一个下图所示的 text 文件作为 模板。 模板 制作方法参考 Quick-start-Guide 及其 Placeholders and wildcards。 我使用的模板如下：

{{title}}

## Metadata

{{author}}
{{url}}
{{DOI}}
{{citekey}}
{{collections}}
{{related}}
{{tags}}
{{pdfAttachments}}

{{abstractNote}}

## Zotero links

{{localLibrary}}

{{notes}}

这时就可以右键导出 markdown，如下图

在 Obsidian 中 选择 目录地址为上面 ‘Zotero’ 的上一级，及 ‘Obsidian’， 则可以看到如下信息，但是 Author 一栏的作者都设置为 tag，这个会影响Obsidian 的 graph view。

取消自动给author 添加 tag

Zotero —> Edit —> Preference —> Advanced Configuration —> Config Editor —> 检索 “placeholder” —> 修改 下图的两项

• extensions.mdnotes.placeholder.author

{"content":"{{bullet}} Authors: {{field_contents}}", "link_style": "no-links", "list_separator": ", "}

• extensions.mdnotes.placeholder.collections
  为什么要改这个，我忘了，同学也改了

{"content":"{{bullet}} Topics: {{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}", "link_style": "no-links", "list_separator": ", "}

这样，导出的内容中 author 就不会自动添加 tag。

**另外，在Mdnote的设置中取消 ‘Use the items citekey as the title’ **

Obsidian 插件

Obsidian 左下角 设置 —> Community Plugins —> 取消 safe mode 在 搜索 browse 找 Citations。
能干啥还不知道。

Zotero 其他配置

登录账号

Edit —> Preference —> Sync

不显示 subfolder 的内容

View —> show item from subcollections

Google scholar citations

Google Scholar Citations for Zotero,
调出 显示 extra信息即可，数字就是引用数量

Shortcut

zotlio

• Open PDF: ENTER
• 展开/收拢 题录下的内容： + / -

后续

粗略的配置，后续经验在添加。