jiaxiaodong1018-CSDN博客

转载 KEGG数据库的使用方法与介绍

文章原地址：http://www.plob.org/2011/03/08/58.htmlKEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外 KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orth

2015-04-27 09:41:18 9987

转载从NCBI批量获取一个物种EST等相关序列

文章原址: http://www.tuanjuwang.com/post/fa475142-3848-3a96-5fcb-e73102544d60.html注意，本方法要使用到perl。连接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/PowerTools/eutils/ebot/ebot.cgi这是一个NCBI提供的自动生成perl代码

2015-04-20 08:48:34 3856

转载 Trinity使用流程

原文地址：http://www.plob.org/2014/12/22/8826.html1:分析流程图如下2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下：1cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq2cat 1M_

2015-04-16 14:40:25 9609 2

转载 Trinity的安装与使用

原文地址：http://www.plob.org/2014/01/26/7134.html一、 Trinity简介Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。T

2015-04-16 14:36:18 3029

转载出众的进化树编辑软件Evolview原文地址：

原文地址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ae9969e01018qfd.html尽管有人推荐过了（http://www.plob.org/2012/07/26/2840.html），我还是得说一说这款好用的软件。软件是在线的，猛击这儿：http://www.evolgenius.info/evolview.html#login。

2015-04-16 14:13:02 5429

转载 Blast2GO使用方法详解（命令界面）

Blast2GO使用方法详解（命令界面）文章来自：http://www.plob.org/2011/12/20/1299.html第一步：利用BLAST作比对下载NCBI的nr数据库NCBI的nr数据库一般可以从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ 下载，里面nr库有两种格式，一种是原始的nr蛋白序列，另外一种是经过forma

2015-04-14 13:01:32 9729

转载转载科学网文章-circos教程四

http://blog.sciencenet.cn/blog-442719-758832.html这一节的目标是画出下面的图连线所谓连线，就是连接染色体组两个不同位置的线。这是circos的最主要目的及用途之一。circos流程图首先需要定义数据结构。这里还需要第二节的关于染色体组型(karyotypes)数据结构的知

2015-03-19 19:49:19 1049

转载转载科学网文章-circos教程三

http://blog.sciencenet.cn/blog-442719-758830.html这一节的目标是画出下面的图亮显强调所谓突出标记，或者说亮显强调，多是通过大的反差明显或者符合色彩心理学的色块来将数据分组强调出来。在使用circos绘制基因组时，可以使用这一办法，将不同区域同一组内的基因亮显出来。circos流程图

2015-03-19 19:45:06 496

转载转载科学网文章-circos教程二

http://blog.sciencenet.cn/blog-442719-758826.html本节的目标就是画出如下的图circos绘制简单的ideogram 基础：circos作业流程circos流程图定义：The symbolic representation of chromosomes

2015-03-19 19:41:41 1949

转载转载科学网文章-circos教程（一）

地址 http://blog.sciencenet.cn/blog-442719-758821.html引子闲来无事，翻看CELL杂志，发现很多基因组的图都使用circos来作图，于是就去circos.ca网上看了一眼，发现果然是个基因组研究绘图强大工具，应该为生物信息员掌握。于是花了点时间，来试验它的每一个设置。上网搜索发现，它的中文资料少得可怜，于是将心得体会做一总结，形

2015-03-19 16:53:33 1120

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