从NCBI批量获取一个物种EST等相关序列

文章原址: http://www.tuanjuwang.com/post/fa475142-3848-3a96-5fcb-e73102544d60.html

注意，本方法要使用到perl。

连接：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/PowerTools/eutils/ebot/ebot.cgi

这是一个NCBI提供的自动生成perl代码的程序。

1.在这里填上你的Email地址

2.3.在这里选择你是用keyword还是ID来进行检索

4.检索的数据库

我选择了用keyword来检索核算数据库，在5的位置填上你要检索的东西，比如我要下载小麦的全部序列，我就在这里填上小麦的物种代号

6.这里选择你要获取的数据的多少

在这一页选择输出的方式，我是需要全部的记录，所以选择Download full records（efetch）

看自己的需要选择咯

接下来在7这里填上输出结果的文件名，可以不带后缀，因为8的选项是决定你的文件格式的，后缀可以自己改的，txt，fa，seq，看自己喜好。8这里选你要的文件格式，我就用常用的FASTA格式了

最后就是在这里输入你的perl 程序的名字就好，win下边，默认后缀是.pl，填完后点生成perl，浏览器会自动下载一个perl代码，然后运行这个代码，然后等。。。。。在然后就好了。

需要注意一点的是，在最开始2的位置选择ID获取的话，保存有ID的文件，要和最后生成的代码放在同一个文件夹下边。

如果选ID的话，在这个页面输入你的保存有ID的文件名，一行一个ID就好了。

这是下载 下来的pl代码和用pl代码下载下来的序列。pl代码执行过程中，电脑可以休眠的哟。