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转载 Trinity的安装与使用
Trinity是由 Broad Institute开发的,用于转录本的de novo拼接,主要由三个软件模块组成:Inchworm, Chrysalis and Butterfly,能处理大型的RNA数据。摘自https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki:Trinity partitions the sequence data into...
2018-10-23 21:04:05 15957
转载 Trinity进行转录组分析
1. Trinity进行转录组组装Trinity进行转录组组装的典型命令如下:$ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ -...
2018-10-23 20:44:33 6397
转载 Trinity的介绍与下载
trinity概览Trinity:是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件,由三个独立的软件模块组成:Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。trinity的下载与安装trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在:https:...
2018-10-23 20:40:36 7451
转载 Trinity介绍与使用(一)
Trinity 原文地址:http://www.plob.org/2014/12/22/8826.html1:分析流程图如下2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下:1cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq2ca...
2018-10-23 20:36:19 10162
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