Trinity的介绍与下载

trinity概览


Trinity:是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件,由三个独立的软件模块组成:Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。


trinity的下载与安装


trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在:https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

下载:nohup wget -c https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.4.0.tar.gz 1>trinity.o 2>trinity.e &

解压:tar -zxvf Trinity-v2.4.0.tar.gz

cd Trinity-v2.4.0

编译:make


trinity的使用方法


命令:Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6

几个重要参数介绍:

–seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa

–JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数,由–max_memory代替 组装过程中,jellyfish这一步是最耗费资源的一步 所以这个内存主要由jellyfish控制

如果是双端测序:–left为read1 --right为read2 多个样品的reads由逗号隔开,不允许出现空格  但是老版本如r20131110版 reads是由空格隔开,具体看不同版本的trinity的帮助文档

如果是单端测序 参数为 --single 加上文件 多个样品的reads由逗号隔开,不允许出现空格

–CPU 软件所用线程

–SS_lib_type RF 链特异性文库需要加上这个参数

–no_run_butterfly 不进行butterfly步骤,在Chrysalis这一步完成后中断

–no_run_quantifygraph 不进行quantifygraph这一步 

–output trinity的输出文件夹

–no_version_check 不汇报版本信息

注:trinity支持分步骤运行,但我认为必要性不大,因为分步运行的原因在于避免中途发生错误,但是trinity会自动检测之前输入,如果中途发生报错,进行修改之后,再次投递,会按照原输出继续跑,不会对之前结果进行覆盖


下一个博客会写trinity的报错原因及处理方法和具体的运行步骤

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