Python调用ANTsPy批量配准nii格式图像

最新推荐文章于 2024-04-16 09:59:55 发布

jz2580133981

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文章标签： python 图像处理 ubuntu

本文链接：https://blog.csdn.net/jz2580133981/article/details/129341353

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一、代码环境说明

本人尝试用python通过os.system（）调用ants命令进行批量配准，尝试了各种方法都没成功，相信很多人和我有相同的遭遇，因此在这里我将自己使用antspy成功实现批量配准的过程分享给大家，希望大家在科研途中不要被数据预处理挡住了前进的步伐！

（1）python-3.6

（2）ubuntu-18.04.1-desktop-amd64

（3）VMware-workstation-full-15.5.0

说明：本示例是在虚拟机上实现的，其它版本的软件估计也可以，多尝试。

二、安装antspy

1、安装方法：

有很多种安装方式，比如：

（1）pip install antspyx

（2）conda install antspyx

2、注意：

（1）antspy目前似乎只能在Linux系统上使用，本人尝试在windows系统中安装过，但没成功；

（2）可能出现安装多次不成功的情况，更多的安装方式和解决办法需要百度查询，耐心解决问题。

三、调用antspy命令实现批量配准

1、设置文件夹层级：

（1）按照下图所示的结构来放置你的nii.gz文件。

（2）说明：这是按照我的需要设置的文件夹结构，大家看懂代码后可以自己根据需要调整文件夹结构。

图1 文件夹结构示意图

2、执行下面的代码：

（1）设置好文件夹以后，直接运行如下代码，就可以得到配准后的文件。

（2）这里示例展示的是T2W配准到T1W，大家也可根据自己需要调整代码，比如实现T2W和T1W全部配准到一个模板，不难。

代码示例：

import os
import ants

def registration():
    dir = '/home/yourname/peizhun_test/data/MyData/'
    types = os.listdir(dir)

    for type_name in types:
        type_path = os.path.join(dir, type_name)
        patients = os.listdir(type_path)
        for patient_name in patients:
            patient_path = os.path.join(type_path, patient_name)
            MRI_type = os.listdir(patient_path)
            for file_name in MRI_type:
                print("file_name: ", file_name)
                if file_name == 'T1W':
                    t1w_folder = os.path.join(patient_path, file_name)
                    t1w_files = os.listdir(t1w_folder)
                    for t1w_file in t1w_files:
                        if t1w_file == 'T1W.nii.gz':
                            fixed_image_path = os.path.join(t1w_folder, t1w_file)
                            print("Fixed_image_path: ", fixed_image_path)
                        else:
                            pass
                elif file_name == 'T2W':
                    t2w_folder = os.path.join(patient_path, file_name)
                    t2w_files = os.listdir(t2w_folder)
                    for t2w_file in t2w_files:
                        if t2w_file == 'T2W.nii.gz':
                            moving_image_path = os.path.join(t2w_folder, t2w_file)
                            print("Moving_image_path: ", moving_image_path)
                        else:
                            pass
                else:
                    pass

            # 读取待处理的图像
            fix_img = ants.image_read(fixed_image_path, pixeltype='float')
            move_img = ants.image_read(moving_image_path, pixeltype='float')

            out = ants.registration(fix_img, move_img, type_of_transform='Rigid', outprefix=patient_path+'/t2Rt1_')
            reg_img = out['warpedmovout']  # 获取配准结果
            reg_img.to_file(patient_path+'/NT2W.nii.gz')




if __name__ == "__main__":
    registration()