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RSS订阅原创 数据质控之Trimmomatic数据过滤
PE模式中，输入文件有两个input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz输出文件有四个（output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz），其中过滤之后双末端序列都保留的是paired,只保留一端序列的就是unpaired。刷新：source ~/.bash_profile。
2023-10-15 13:54:34
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原创 linux下载NCBI基因组数据
fastq-dump --gzip --split-3 SRR25474921.sra，#使用fastq-dump将sra转换为fastq格式，--split-3 参数可以把双端测序的reads提取出来，左端标示为*_1.fastq；右端标示为*_2.fastq。安装之后转到NCBI网页搜索需要的数据或者到SRA数据中查找，我下载的是SRA数据库中的SRR25474921（SRA中是原始测序数据）prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载多个SRA文件。
2023-10-12 17:14:23
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空空如也
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