linux下载NCBI基因组数据

linux系统中进行下载基因组数据，需要安装sratoolkit.3.0.7-ubuntu64版本的

linux系统安装及使用查看下面网址​​​​​https://zhuanlan.zhihu.com/p/640799325?utm_id=0

安装之后转到NCBI网页搜索需要的数据或者到SRA数据中查找，我下载的是SRA数据库中的SRR25474921（SRA中是原始测序数据）

linux系统下载数据及SRA的使用

prefetch SRR25474921  #下载单个SRA文件，默认下载sra数据格式放在当前目录下
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt  #下载多个SRA文件

fastq-dump --gzip --split-3 SRR25474921.sra，#使用fastq-dump将sra转换为fastq格式，--split-3 参数可以把双端测序的reads提取出来，左端标示为*_1.fastq；右端标示为*_2.fastq。产生两个文件。

fastq-dump下载的数据直接为fastq格式，不过sra格式占用空间较小，下载速度快

文件拆分。注：当不确定到底是单端还是双端的SRA文件,一律用--split-3。