作者 | 宏基因组
来源 | 宏基因组
ggThemeAssist：鼠标调整主题，并返回代码
R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节，需要写大量代码，而且反复修改、预览，费时费力。
当然你可以用Adobe Illustrator等工具进行后期编辑，但要是图重画，所有后期编辑的工作又要重来，无法实现可重复分析，每个修改都很崩溃。
有没有更方便的方式调整主题细节呢？
ggThemeAssist横空出世，它依赖shiny (>= 0.13), miniUI (>= 0.1.1), rstudioapi (>= 0.5), ggplot2, formatR，可以对ggplot2图形结果直接修改，并实时预览效果，同时编辑结束返回代码。相当于一个帮你写代码的翻译官！
此包必须在Rstudio环境中使用，运行下面代码：
# install.packages("ggThemeAssist")library(ggplot2)library(ggThemeAssist)# 使用mtcars生成一个点图示例gg <- ggplot(mtcars, aes(x = hp, y = mpg, colour = as.factor(cyl))) + geom_point()# 开始调整主题ggThemeAssistGadget(gg)
看到打开了一个窗口，上部为图形预览窗口，下部有6个选项卡，分别对应各类主题细节的调整，下面我们进行详细解释。
1. 设置 Settings
绘图维度 Plot dimensions
Width、Height可鼠标点击数值文本框右侧箭头微调图片宽、高尺寸，也可直接修改数字。
通用选项 General options
Use FormatR 选项可以格式化输出的R代码更具可读性，这可是R界大神，统计之都和R语言大会创始人谢益辉写的包。
默认勾选时，输出代码示例格式：
gg + theme(panel.background = element_rect(fill = NA), plot.background = element_rect(fill = NA))不勾选，编辑后返回代码格式如下：
gg + theme(panel.background = element_rect(fill = NA), plot.background = element_rect(fill = NA))默认选项更利用阅读，但占用多行。选择全凭个人喜好，推荐勾选，可实现多行并缩进排版，方便阅读和同行交流。
Multiline results 选项是输出绘图代码一行行独立累加主题实现，还是行相加所有参数实现。
默认格式，不勾选多行，推荐，示例如下：
gg + theme(panel.grid.major = element_line(linetype = "solid"), panel.grid.minor = element_line(linetype = "solid"), plot.background = element_rect(linetype = "blank"))勾选多行格式，示例如下，此种方案方便累加和后退去除参数，但变量多次重复出现，各有利弊：
gg <- gg + theme(panel.grid.major = element_line(linetype = 'dashed'))gg <- gg + theme(panel.grid.minor = element_line(linetype = 'dashed'))gg <- gg + theme(panel.background = element_rect(fill = 'gray87'))2. 面板和背景 Panel & Backgroud
绘图区背景 Plot Background
即整个作图区的背景，包括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour
面板背景 Panel Backgroud
即坐标轴围成的数据分布区域，属性同上，包括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour
主网格 Grid Major
即图中X、Y轴刻度线对应的网格，建议使用，方便辅助识别数据位置；
次网格 Grid Minor
即图中X、Y轴刻度线间的补充网格，看具体情况使用，方便进一步辅助识别数据准确位置；
3. 坐标轴 Axis
坐标轴文字 Axis text
Family：字体家族，默认为Sans，和我们常用的Arial类似；还常用Courier系列等宽字体，如显示核酸、蛋白序列对齐要求时使用；Helvetica是Science杂志推荐字体；
Face: 字体样式，如标准 plain(Adobe系列软件称Regular)、加粗 bold、斜体 italic、粗斜体 bold.italic
Size：字体大小，推荐8(无纸质版在线网络杂志，如Nature Communication、Communication Biology、Scientific Report等)；可选7，适合Nature、Science最终发表字体大小；最小不要小于5，否则看不清。
Colour：颜色，默认为30%灰度 gray30，想突出坐标同刻度数值，可选black或gray0；
Hjust：X轴刻度值水平位置调整，默认0.5为相对刻度线居中对齐，0为刻度线左对齐；1为刻度线右对齐
Vjust：Y轴刻度值垂直位置调整，默认0.5为相对刻度线居中对齐，0为刻度线下对齐；1为刻度线上对齐
Angle：坐标轴角度，如标签过长，可调为30度或45度旋转避免文字重叠且节约空间，一般要配合Hjust为1右对齐才更美观；一般情况下要对x或y轴单独修改
坐标轴x文字属性 Axis text.x
默认可不修改，自动继承Axis text的属性。仅用于x轴属性需单独设置时修改，解释同上
坐标轴y文字属性 Axis text.y
默认可不修改，自动继承Axis text的属性。仅用于y轴属性需单独设置时修改，解释同上
坐标轴线属性 Axis line
主要修改X/Y轴的线型Type、宽度Size和颜色Colour
刻度线 Axis ticks
同坐标轴线，可修改X/Y轴的线型Type、宽度Size和颜色Colour
4. 标题与标签 Title and label
标签 Lable
Title：图表标题，直接输入即可，方便吧
x-Axis label: 添加X轴标签
y-Axis label: 添加y轴标签
Colour：图例标题
Fill label：填充色标签
Size label：点大小标签
Alpha label：透明度标签
Linetype label：线型标签
Shape label：形状标签
标题属性 Plot Title
与坐标轴属性类似，详见前面“坐标轴文字 Axis text”说明
Family：字体家族
Face: 字体样式，如标准plain、加粗bold、任何italic、粗斜体bold.italic
Size：字体大小，标题可以使用12，即标准字体系1.5倍，并加粗
Colour：颜色
Hjust：沿X轴水平位置调整
Vjust：沿Y轴垂直位置调整
Angle：文字旋转角度，逆时针
坐标轴标签属性 Axis Labels
解释同上
5. 图例 Legend
图例位置 Legend position
Position：位置，可选无none，左left，右right，上top，下buttom，图中XY
Direction：方向，可按水平horizontal，或垂直vertical排列
图例标题属性 Legend Title
Family：字体家族
Face: 字体样式
Size：字体大小，可调8-10，个人喜欢和坐标轴同样大小，有人喜欢大点
Colour：颜色
图例文字属性 Legend Text
同上
图例背景属性 Legend Background
括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour
图例核心属性 Legend Keys
即图例中颜色图状的属性，同上
6. 子标题和图注 Subtitle and Caption
可以修改子标题(Subtitle)和图注(Caption)中的内容。同时可修改文字的属性，如字体家族、样式、大小、颜色和水平位置
7. 编辑结果导出绘图代码
以上面板中可修改上百个参数，并提供几百个属性值的选择。这些要是靠自己记住，那可真是太难了。此包为R语言绘图的细节调提供了极大帮助。
而且调好的样式，点击done完成，马上写书规范的代码就写好了，方便可重复计算和进一步修改。这就是代码的强大之处。
gg + theme(plot.subtitle = element_text(size = 8, colour = "gray25", hjust = 0.25), axis.line = element_line(linetype = "dotdash"), panel.grid.minor = element_line(colour = "gray95", linetype = "dotted"), axis.text = element_text(size = 8, face = "bold", colour = "black", hjust = 1), axis.text.x = element_text(size = 1, angle = 45), legend.key = element_rect(fill = "antiquewhite4"), legend.background = element_rect(fill = "gray93", colour = "antiquewhite4", size = 1, linetype = "solid")) +labs(title = "Title for figure ", x = "x-Axis label", colour = "汽纲数量", fill = "fill title", subtitle = "Subtitle")注意：在使用中最好不要用中文，否则会出现缺失引号代码无法运行的情况，自己手动添加引号括上中文即可运行。
以上展示过程的R环境信息
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